Structure #25702
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr10 |
| Strand | - |
| Position | 49,624,073 - 49,624,185 |
| Number of sequences | 6 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, zebrafish, fugu |
| Mean pairwise identity | 68.18 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -48.72 |
| Consensus MFE | -20.5 |
| Combinations/base pair | 43 / 30 = 1.43 |
| SCI | 0.42 |
| z-score | -2.14 |
| RNA class probability | 0.963183 |
This structure is part of cluster 11959
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 68.18 Mean single sequence MFE: -48.72 Consensus MFE: -20.50 Energy contribution: -22.75 Covariance contribution: 2.26 Mean z-score: -2.14 Structure conservation index: 0.42 SVM decision value: 1.53 SVM RNA-class probability: 0.963183 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/49624185-49624073 CAGGUAGCGGAGGGGCAGGUCCCAGUGCUGGAGACCGAGGCUACCUCCUGGGCCACCUGGCGGCCGUUGUGGUGAAGCAGGUACUGCUGGGCCGGAAGGUGGUGGUGCGCUG ((((((.(((((((((.(((((((....))).))))...))).)))))...(((((((..(((((...(..(((.......)))..)..)))))..)))))))).))).))) ( -57.20) >canFam1.chr2/520-635 AAGAUGGCGGAGGGGCAGGUCCUGGUGCUCAGUGGCCGAGGCCAUCUCCUGGGCUGCCUGGCAGCCACUGUAGCCAAACAGGUGCUCUGGGCUGCAAGGUUGUAGUUGUGCACUA ....((((((((((((.(((((((.....))).))))...))).)))))..((((((...))))))......))))....(((((.(...((((((....)))))).).))))). ( -51.70) >mm5.chr11/86232709-86232590 AAGAUGGAGAAGGGGCAGGUUCUGGUAUUGGAUGGCCGAGGCCAUCUUCUUGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGCAGGUACUUCUGGGCCGUUAGGUGGUGGUGGUCGUACGCUG ......((((((((((.((((((......)))..)))...))).))))))).((((((((((((((......(((.....))).......))))))))))))))((((......)))). ( -52.62) >rn3.chr20/41148850-41148733 AAGAUGGCGGAGGGGCAGGUUCUAGUAUUGGAUGGCCCGGGGCCAUCUUCUGGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGCAGGUACUGCUGGGCCGAAAGGUGGUGGUUGUACGCUG .....((((...((((.(((.((((....((((((((...)))))))).)))))))))))(((.((((((.(((((.(((((...))))).)))))...)))))).)))...)))). ( -58.20) >danRer1.chr17/508-417 CAGGUUCUGAUCAUUGAUGGCCGAGGCCAUCUCCUCGGUCGUCUUUCCGCUAUUGUGGCCAAGCAAGUGCUGUUGGGGUGGUGGUGAGGUG .....(((.(((((((((((((((((......)))))))))))...((((....))))((((((....)))..)))...)))))).))).. ( -34.50) >fr1.chrUn/597-500 ACGUACAGGUUCUGGUGCUGGAUGGCAGGGGCCAUCUACUCGGCCGGCUCUCUGCCAUUGUGGCUAAACAGCUUUUGCUGGGGGUGGUGGUGAGAUG ..((((........))))((((((((....))))))))((((.(((.(.(((((((.....)))....((((....)))))))).).)))))))... ( -38.10) >consensus AAGAUGGCGGAGGGGCAGGUUCUGGUGCUGGAU_GGCCGAGGCCAUCUCCUGGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGCAGGUACUGCUGGGCCG_AAGGUGGUGGUG______CGCUG ............((((.((((.............))))..((((........)))))))).((.((((((.(((((.(((((...))))).)))))...)))))).))............ (-20.50 = -22.75 + 2.26)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
