Structure #25705
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr10 |
Strand | - |
Position | 49,624,107 - 49,624,203 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 81.54 |
Columns | 98 |
Mean single MFE | -49.47 |
Consensus MFE | -38.85 |
Combinations/base pair | 40 / 30 = 1.33 |
SCI | 0.79 |
z-score | -2.68 |
RNA class probability | 0.994003 |
This structure is part of cluster 11959
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 98 Columns: 98 Strand: + Mean pairwise identity: 81.54 Mean single sequence MFE: -49.48 Consensus MFE: -38.85 Energy contribution: -38.84 Covariance contribution: -0.00 Mean z-score: -2.68 Structure conservation index: 0.79 SVM decision value: 2.44 SVM RNA-class probability: 0.994003 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/49624203-49624107 UUUCCCAGGCCGCUGCCGCAGGUAGCGGAGGGGCAGGUCCCAGUGCUGGAGACCGAGGCUACCUCCUGGGCCACCUGGCGGCCGUUGUGGUGAAGC (((((((((((((((((...))))))((((((((.(((((((....))).))))...))).)))))...(((....)))))))....))).)))). ( -48.60) >canFam1.chr2/556-653 UUUCCCAGGCAGCUGCCAAAGAUGGCGGAGGGGCAGGUCCUGGUGCUCAGUGGCCGAGGCCAUCUCCUGGGCUGCCUGGCAGCCACUGUAGCCAAAC ....((((((((((((((....))))((((((((.(((((((.....))).))))...))).)))))..)))))))))).................. ( -47.70) >mm5.chr11/86232727-86232630 UUUCCCAGGCGGCUGCCGAAGAUGGAGAAGGGGCAGGUUCUGGUAUUGGAUGGCCGAGGCCAUCUUCUUGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGC ....((((((((((...((((((((......(((..((((.......)))).)))....))))))))..)))))))))).((((.....)))).... ( -48.60) >rn3.chr20/41148868-41148770 UUUCCUAGGCGGCUGCCGAAGAUGGCGGAGGGGCAGGUUCUAGUAUUGGAUGGCCCGGGGCCAUCUUCUGGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGC ....((((((((((.(.(((((((((....((((..((((.......)))).))))...))))))))).))))))))))).((((.....)))).... ( -53.00) >consensus UUUCCCAGGCGGCUGCCGAAGAUGGCGGAGGGGCAGGUCCUAGUACUGGAU_GGCCGAGGCCAUCUCCUGGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGC ....((((((((((((((....))))((((((((.((((.............))))...))).)))))..)))))))))).((((.....)))).... (-38.85 = -38.84 + -0.00)