Structure #28805
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr10 |
Strand | + |
Position | 97,145,756 - 97,145,875 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 79.42 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -52.12 |
Consensus MFE | -37.17 |
Combinations/base pair | 44 / 36 = 1.22 |
SCI | 0.71 |
z-score | -2.35 |
RNA class probability | 0.9832 |
This structure is part of cluster 13717
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 79.42 Mean single sequence MFE: -52.12 Consensus MFE: -37.17 Energy contribution: -37.67 Covariance contribution: 0.50 Mean z-score: -2.35 Structure conservation index: 0.71 SVM decision value: 1.94 SVM RNA-class probability: 0.983200 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/97145756-97145875 ACAGGCAGCCAGACUGGAUGUGGGUAAGGGGAAGGGCAGGAUGCUCUGCCUGUGGGAGAAGUGGUACCCUUCCCACAGUGCAGCUGCAUCCCGCCUAUCAGCUGACUGGCGGCACAGGC ....((.((((((((.......))).((..((.((((.((((((.(((((((((((((..(.....)..))))))))).))))..)))))).)))).))..))..))))).))...... ( -54.10) >mm5.chr19/39698589-39698704 GCAGGCGGCCAGACUGGAUUUGGGCAUAAAGACAGGAUCUCUGCUCUCAGGAGGAGUGGCACCCUUCCUGCAGUGCAGCGACACGCCUGCCUGUCCGGUAACUGGCAGCACAGGC ((..((.((((((((((((..(((((....(...(..((.((((.(((((((((.(.....).))))))).)).)))).))..).).))))))))))))..))))).))....)) ( -48.30) >rn3.chr1/245587364-245587483 GCAGGCAGCCAGACUGGAUUUGGGCACAAAGAAAGACAGGAUCUCUGCUCUCAGGAAGAGUGCCACCCUUCCUGCAGUGCAGGGACUUGCCUGCCUGUCCGGUGACUGGCAGCACAGGC ((..((.((((((((((((..(((((........(.((((.(((((((.(((((((((.(.....).))))))).)).))))))))))).)))))))))))))..))))).))....)) ( -53.50) >canFam1.chr28/11921707-11921827 CCAGGCGGCCAGACUGGAUUUGGUUACAGGGAACGACAGGAUGCUCUGCCCAUGGGAAGAGUGGUGCCCUUCCCAUGGUGCAGCUGCAUUCCUGCCUAUCAGCUGACUGGCAGCACAGGC ((..((.((((((((......)))..(((.((....((((((((.((((((((((((((.(.....).)))))))))).))))..))).)))))....))..))).))))).))...)). ( -52.60) >consensus GCAGGCAGCCAGACUGGAUUUGGGCACAGGGAAAGACAGGAU_CUCUGCCCUCAGGAAGAGUGGCACCCUUCCCACAGUGCAGCGACAUGCCUGCCUAUCAGCUGACUGGCAGCACAGGC ....((.((((((((((((..((((............(((.....((((((((((((((.(.....).)))))))))).)))).......))))))))))))))..))))).))...... (-37.17 = -37.67 + 0.50)