Structure #28808
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr10 |
Strand | - |
Position | 97,145,756 - 97,145,875 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 79.42 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -51.95 |
Consensus MFE | -43.31 |
Combinations/base pair | 47 / 35 = 1.34 |
SCI | 0.83 |
z-score | -2.9 |
RNA class probability | 0.998928 |
This structure is part of cluster 13717
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 79.42 Mean single sequence MFE: -51.95 Consensus MFE: -43.31 Energy contribution: -42.62 Covariance contribution: -0.69 Mean z-score: -2.90 Structure conservation index: 0.83 SVM decision value: 3.29 SVM RNA-class probability: 0.998928 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/97145875-97145756 GCCUGUGCCGCCAGUCAGCUGAUAGGCGGGAUGCAGCUGCACUGUGGGAAGGGUACCACUUCUCCCACAGGCAGAGCAUCCUGCCCUUCCCCUUACCCACAUCCAGUCUGGCUGCCUGU ......((.(((((.(((..((..((((((((((..((((.((((((((..((.....))..)))))))))))).))))))))))..))..))............).))))).)).... ( -55.90) >mm5.chr19/39698704-39698589 GCCUGUGCUGCCAGUUACCGGACAGGCAGGCGUGUCGCUGCACUGCAGGAAGGGUGCCACUCCUCCUGAGAGCAGAGAUCCUGUCUUUAUGCCCAAAUCCAGUCUGGCCGCCUGC ((((((.(((........)))))))))(((((.(((.((((.((.(((((.(((.....))).))))))).))))(((..(((..(((......)))..)))))))))))))).. ( -44.30) >rn3.chr1/245587483-245587364 GCCUGUGCUGCCAGUCACCGGACAGGCAGGCAAGUCCCUGCACUGCAGGAAGGGUGGCACUCUUCCUGAGAGCAGAGAUCCUGUCUUUCUUUGUGCCCAAAUCCAGUCUGGCUGCCUGC ((..(.((.(((((.(...(((.(((((((...(((.((((.((.(((((((((.....))))))))))).)))).)))))))))).)))(((....))).....).))))).))).)) ( -49.20) >canFam1.chr28/11921827-11921707 GCCUGUGCUGCCAGUCAGCUGAUAGGCAGGAAUGCAGCUGCACCAUGGGAAGGGCACCACUCUUCCCAUGGGCAGAGCAUCCUGUCGUUCCCUGUAACCAAAUCCAGUCUGGCCGCCUGG .((.(.((.(((((...((((...(((((((.(((..((((.((((((((((((.....)))))))))))))))).))))))))))(((......)))......))))))))).))).)) ( -58.40) >consensus GCCUGUGCUGCCAGUCACCGGACAGGCAGGCAUGCAGCUGCACUGCAGGAAGGGUACCACUCCUCCCAAGAGCAGAG_AUCCUGUCUUUCCCUGUACCCAAAUCCAGUCUGGCCGCCUGC ......((.(((((((....))).((((((.((((..((((.((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))))))).......................)))).)).... (-43.31 = -42.62 + -0.69)