Structure #28810
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr10 |
Strand | + |
Position | 97,145,796 - 97,145,895 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 77.24 |
Columns | 105 |
Mean single MFE | -47.43 |
Consensus MFE | -34.36 |
Combinations/base pair | 41 / 30 = 1.37 |
SCI | 0.72 |
z-score | -2.28 |
RNA class probability | 0.990715 |
This structure is part of cluster 13717
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 105 Columns: 105 Strand: + Mean pairwise identity: 77.24 Mean single sequence MFE: -47.42 Consensus MFE: -34.36 Energy contribution: -34.61 Covariance contribution: 0.25 Mean z-score: -2.28 Structure conservation index: 0.72 SVM decision value: 2.23 SVM RNA-class probability: 0.990715 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/97145796-97145895 AUGCUCUGCCUGUGGGAGAAGUGGUACCCUUCCCACAGUGCAGCUGCAUCCCGCCUAUCAGCUGACUGGCGGCACAGGCAGCGAUGGGAGCCGGUGGGG ((((.(((((((((((((..(.....)..))))))))).))))..))))((((((((((.((((.(((......))).))))))))(....))))))). ( -47.40) >mm5.chr19/39698625-39698729 AUCUCUGCUCUCAGGAGGAGUGGCACCCUUCCUGCAGUGCAGCGACACGCCUGCCUGUCCGGUAACUGGCAGCACAGGCAGUGAUGGGUGCUGAGCUGGUAGGG ..((((((...(((((((.(.....).)))))))((((.(((((.(((((.(((((((((((...))))....)))))))))).))..))))).)))))))))) ( -44.80) >rn3.chr1/245587404-245587508 AUCUCUGCUCUCAGGAAGAGUGCCACCCUUCCUGCAGUGCAGGGACUUGCCUGCCUGUCCGGUGACUGGCAGCACAGGCAGCAAUGGGAGCUGAGCUGGCAGGG .(((((((.(((((((((.(.....).))))))).)).)))))))((((((((((.(((....))).)))))..(((.((((.......))))..)))))))). ( -49.40) >canFam1.chr28/11921747-11921845 AUGCUCUGCCCAUGGGAAGAGUGGUGCCCUUCCCAUGGUGCAGCUGCAUUCCUGCCUAUCAGCUGACUGGCAGCACAGGCGGAUGGGAGCUGGUGGGG ((((.((((((((((((((.(.....).)))))))))).))))..)))).....((((((((((..(((...((....))...))).)))))))))). ( -48.10) >consensus AU_CUCUGCCCUCAGGAAGAGUGGCACCCUUCCCACAGUGCAGCGACAUGCCUGCCUAUCAGCUGACUGGCAGCACAGGCAGCGAUGG_____GAGCUGGUAGGG .....((((((((((((((.(.....).)))))))))).)))).......((((((((((((....)))))).....(((...............))))))))). (-34.36 = -34.61 + 0.25)