Structure #28812
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr10 |
Strand | - |
Position | 97,145,796 - 97,145,895 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 77.24 |
Columns | 105 |
Mean single MFE | -45.75 |
Consensus MFE | -35.1 |
Combinations/base pair | 40 / 29 = 1.38 |
SCI | 0.77 |
z-score | -3.22 |
RNA class probability | 0.999862 |
This structure is part of cluster 13717
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 105 Columns: 105 Strand: + Mean pairwise identity: 77.24 Mean single sequence MFE: -45.75 Consensus MFE: -35.10 Energy contribution: -33.66 Covariance contribution: -1.44 Mean z-score: -3.22 Structure conservation index: 0.77 SVM decision value: 4.29 SVM RNA-class probability: 0.999862 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/97145895-97145796 CCCCACCGGCUCCCAUCGCUGCCUGUGCCGCCAGUCAGCUGAUAGGCGGGAUGCAGCUGCACUGUGGGAAGGGUACCACUUCUCCCACAGGCAGAGCAU ........((((.....(((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))(((.((((((((..((.....))..))))))))))))))).. ( -50.40) >mm5.chr19/39698729-39698625 CCCUACCAGCUCAGCACCCAUCACUGCCUGUGCUGCCAGUUACCGGACAGGCAGGCGUGUCGCUGCACUGCAGGAAGGGUGCCACUCCUCCUGAGAGCAGAGAU ........((((.((((((.((.((((..((((((((.(((....))).))))((((...)))))))).)))))).))))))...((.....))))))...... ( -41.10) >rn3.chr1/245587508-245587404 CCCUGCCAGCUCAGCUCCCAUUGCUGCCUGUGCUGCCAGUCACCGGACAGGCAGGCAAGUCCCUGCACUGCAGGAAGGGUGGCACUCUUCCUGAGAGCAGAGAU .(((((((((.((((.......)))).....)))....(((....))).))))))...(((.((((.((.(((((((((.....))))))))))).)))).))) ( -44.90) >canFam1.chr28/11921845-11921747 CCCCACCAGCUCCCAUCCGCCUGUGCUGCCAGUCAGCUGAUAGGCAGGAAUGCAGCUGCACCAUGGGAAGGGCACCACUCUUCCCAUGGGCAGAGCAU ........((((...(((((((((((((.....))))..)))))).))).......(((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).. ( -46.60) >consensus CCCCACCAGCUC_____CCAUCGCUGCCUGUGCUGCCAGUCACCGGACAGGCAGGCAUGCAGCUGCACUGCAGGAAGGGUACCACUCCUCCCAAGAGCAGAG_AU ...(((..((...............))..)))(((((.(((....))).)))))........((((.((((((((((((.....))))))))))))))))..... (-35.10 = -33.66 + -1.44)