Structure #3582
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr1 |
Strand | - |
Position | 122,605 - 122,716 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 84.23 |
Columns | 112 |
Mean single MFE | -56.23 |
Consensus MFE | -48.64 |
Combinations/base pair | 55 / 40 = 1.38 |
SCI | 0.87 |
z-score | -3.23 |
RNA class probability | 0.998033 |
This structure is part of cluster 7
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 112 Columns: 112 Strand: + Mean pairwise identity: 84.23 Mean single sequence MFE: -56.23 Consensus MFE: -48.64 Energy contribution: -46.83 Covariance contribution: -1.81 Mean z-score: -3.23 Structure conservation index: 0.87 SVM decision value: 2.99 SVM RNA-class probability: 0.998033 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr1/122716-122605 CCCACACUUUCAGGUCUCUUGCACCAGAAGGUGGCAGGAUCCAUUGGGAGGAAACAGGCCACCUUGGAAGGCGUCCCUGGGCCCCCAUCCCCAGGGGUUGGGGCCGUAGGG ...((.(((((.((((....).)))..((((((((....(((....)))(....)..)))))))).))))).))(((((((((((.((((....)))).)))))).))))) ( -53.90) >canFam1.chr1/499-611 CCCACGCUUUCAGGUCUCUUGCGUCGGAAAGCCGCAGGAUCCGUUGGAAGGAACCGGGUGGCCUUGGAAGGUGUCACUGGGCCCCCAGCCCCAGGGGGUGGGGGCCGUAGUG ..(((.((((((((((.((((((.(.....).))).((.(((.......))).))))).)))).))))))))).(((((((((((((.(((....))))))))))).))))) ( -56.90) >mm5.chr7/605-493 CCAACACUUUCAGGUCUCUUGCGCCGAAAGGUGGCAGAAUCCGUAGGAGGAAACCGAGUGGCCUUGGAAGGUGUUGCUGGGCCCCCGGCUCCAGGGGGUGGGGGCCGUAGUG .(((((((((((((((.((((((((....))))......(((......)))...)))).)))))..))))))))))(((((((((((.(((....))))))))))).))).. ( -58.00) >rn3.chr1/605-493 CCAACACUUUCAGGUCUCUUGCGCCGAAAGGUGGCAGAAUCCGUAGGAAGAAACCGAGUGGCCUUGGAAGGUGUUGUUGGGCCCCCAGCUCCAGGAGGUGGGGGCCGUAGUG .(((((((((((((((.((((((((....))))......(((...)))......)))).)))))..))))))))))...((((((((.(((...))).))))))))...... ( -56.10) >consensus CCAACACUUUCAGGUCUCUUGCGCCGAAAGGUGGCAGAAUCCGUAGGAAGAAACCGAGUGGCCUUGGAAGGUGUCGCUGGGCCCCCAGCCCCAGGGGGUGGGGGCCGUAGUG ...(((((((((((((.((((((((....))))......(((...)))......)))).)))))..))))))))(((((((((((((.(((...))).)))))))).))))) (-48.64 = -46.83 + -1.81)