Structure #4875
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr1 |
Strand | + |
Position | 18,733,617 - 18,733,736 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 78.15 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -52.72 |
Consensus MFE | -39.28 |
Combinations/base pair | 51 / 40 = 1.27 |
SCI | 0.74 |
z-score | -2.17 |
RNA class probability | 0.979236 |
This structure is part of cluster 776
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 78.15 Mean single sequence MFE: -52.73 Consensus MFE: -39.28 Energy contribution: -40.40 Covariance contribution: 1.12 Mean z-score: -2.17 Structure conservation index: 0.74 SVM decision value: 1.83 SVM RNA-class probability: 0.979236 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr1/18733617-18733736 CUGCCCUCUGCCCGCGCCUUCCAGUGACAGGGGGUGGGCGGAGGGCGCCGGGAGGGGGAAGUUAAGCGGCUGCCUGUUUGUUUAUGGGCACAGGAAGCUUUAUUGGUUUUACACUCCAG ..(((((((((((((.((((........)))).)))))))))))))....((((...((((..((..((((.(((((..(((....)))))))).))))...))..))))...)))).. ( -58.00) >mm5.chr4/15880990-15880876 AUGCCCUCAGCCUGGCCUUCAAGGGGCAGGGGUGGGUGGAGGGCACACGAGGGGGGUUUAAGCAGCUGCCCAUUUGUUUAGGGGUGGAGAACACUUUGCUAGCUUGCACUGCAG .(((((((.(((((.((((........)))).))))).))))))).......(.(((.((((((((..(((.........)))(((.....)))...))).))))).))).).. ( -43.50) >rn3.chr5/14478692-14478576 AUGCCCUCAGCCUGGCCUUCAAGGGGAAGGGAGUGGGUGGAGGGCAUCCGAGGGGGGGGUUAAGCAGCUGCCCAUUUGUUUAGGGGUGCAGAACACUUUGCUGGCUUGCACUGCAA ((((((((.(((((.(((((.....)))))...))))).)))))))).((((.(((.((((....)))).))).))))....(.(((((((..((......))..))))))).).. ( -47.80) >canFam1.chr2/7158743-7158623 CUGCCCUCUGCCCGCGCCUCCGAGUGGCAGGGGGUGGGCGGAGGGCACCGGGAGGAGGGAGGUGAAGCGGCUGCCUGUUUGUUUAUGGGCCCAGGAAGCUUUAUUGGUUUUACACUCCAG .((((((((((((((.(((((....))..))).))))))))))))))((....))..(((((((((((((((.((((...(((....))).)))).))))......))))))).)))).. ( -61.60) >consensus AUGCCCUCAGCCCG_GCCUUCAAGGGGCAGGGGGUGGGCGGAGGGCACCCGAAGGGGG__GGUUAAGCAGCUGCCCAUUUGUUUAGGGGCGCAGAAAACUUUACUGG_CUUACACUCCAG .((((((((((((((.((((........)))).))))))))))))))...((((.(((..(((.((((..((((((((......))))))..))...)))).)))...)))...)))).. (-39.28 = -40.40 + 1.12)