Structure #5052

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr1
Strand	+
Position	21,639,010 - 21,639,129
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	82.31
Columns	120
Mean single MFE	-50.01
Consensus MFE	-41.59
Combinations/base pair	49 / 38 = 1.29
SCI	0.83
z-score	-2.39
RNA class probability	0.982512

This structure is part of cluster 881

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.31
 Mean single sequence MFE: -50.00
 Consensus MFE: -41.59
 Energy contribution: -41.77
 Covariance contribution:   0.19
 Mean z-score:  -2.39
 Structure conservation index:   0.83
 SVM decision value:   1.92
 SVM RNA-class probability: 0.982512
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr1/21639010-21639129
AGGUGUCAGCCAGGGGCAGUGGCCCGGGCUGGCACCCGCGGUGACAAGAGAACACUAGUGUGGUGGUCACCGCAGGCGGCUGCUGUUAUGCUCUUGGCCCUACUUUAAAAAUAGUCAGA
.((((((((((..((((....)))).)))))))))).((((((((.......(((....)))...)))))))).(((.(..((......))...).)))(((((........))).)). ( -53.80)
>mm5.chr4/17932930-17932811
AGGUGUCAGCCAGGGGCAGCAAGUCGAGCUGGUGCCCACGGUGACAGAAGGACACAGUAUGGUGGUCACCAUGGGCUAUGGCUGUUAUGUUCUUGGCCCCUGCUUUAAAAAUAGUUAGG
........((((((((((......(.((((...(((((.((((((.......(((......))))))))).)))))...)))))...)))))))))).((((((........)).)))) ( -41.81)
>rn3.chr5/16585917-16585798
AGGUGUCAGCCAGGGGCAGCAAGAUGGGCUGGUGCCCACGGUGACAGAAGGACACAGUAUGGUGGUCACCAUGGGCUGUGGCUGUUAUGUUCUUGGCCCCUACUUUAAAAAUAGUUAGG
.(((....)))((((((..((((((((((....)))))..(((((((.....(((((((((((....)))))..)))))).)))))))..))))))))))).................. ( -48.40)
>canFam1.chr2/9478861-9478745
AGGUGUCCAGGGGCGGCGGCCUGGCCUGGCGCCUGCGGUGACAGGAGGACACCGGUGUGGUGGUCACCGCAGGCGGUGGCUGUUAUGCUCUUGGCCCCAUUUUAAAAAUAGUCAGG
.((.(.(((((((((((((((..(((....((((((((((((.......((((.....)))))))))))))))))))))))))..))))))))).))).................. ( -56.01)
>consensus
AGGUGUCAGCCAGGGGCAGCAACCCGGGCUGGCGCCCACGGUGACAGAAGGACAC_AGUAUGGUGGUCACCACAGGCGGUGGCUGUUAUGCUCUUGG_CCCUACUUUAAAAAUAGUCAGG
(((((...((((((((((..(((...(((((.(((((((((((((......((....))......))))))))))))).)))))))).))))))))))...))))).............. (-41.59 = -41.77 +   0.19)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

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