Structure #6220
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr1 |
Strand | + |
Position | 28,795,727 - 28,795,859 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu |
Mean pairwise identity | 75.45 |
Columns | 141 |
Mean single MFE | -49.72 |
Consensus MFE | -35.39 |
Combinations/base pair | 58 / 38 = 1.53 |
SCI | 0.71 |
z-score | -2.05 |
RNA class probability | 0.981356 |
This structure is part of cluster 1394
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 141 Columns: 141 Strand: + Mean pairwise identity: 75.45 Mean single sequence MFE: -49.72 Consensus MFE: -35.39 Energy contribution: -33.38 Covariance contribution: -2.00 Mean z-score: -2.05 Structure conservation index: 0.71 SVM decision value: 1.89 SVM RNA-class probability: 0.981356 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr1/28795727-28795859 AAAAAGGGCUUCUGUCGUGAGUGGCACACGUAGGGCAACUCGAUUGCUCUGCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUUUGGUAUUUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCCC ((((((.((((((((((....)))))((((((((((((.....))))))))))))(((((((..........))))))))))))....)))))).......((((.(((((.(((.....)))))))))))) ( -52.70) >canFam1.chr2/15205046-15204915 AAAAAGGGCUUCUGUCGUGAGUGGCACACGUAGGGCAGCUCCAUUGCUCUUCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUUUGGUACCUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCC ....(((......((((....(.((((....(((((((.....)))))))..)))).)...))))(((((((((((.(....)...))))))))))).))).(((.(((((.(((.....))))))))))) ( -46.20) >mm5.chr4/23622275-23622144 AAAAAGGGCUUCUGUCGUGAGUGGCACACGCAGGGCAACUCGAUUGCUGUGCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUUUGGUAAUUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCC ((((((.((((((((((....)))))((((((.(((((.....))))).))))))(((((((..........))))))))))))....))))))........(((.(((((.(((.....))))))))))) ( -48.20) >galGal2.chr23/3792058-3791934 AAAAAGGGCUUCUGCCGUGCGUGGCACGGGGGGGCUUCGGCCGCCCUCGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCACAAUUUUUGUGGGAGGGGUCGCCGGUAACCGCUCGUUCUGGCGCC ......(((((((.((((((......(((((((((....))).))))))(((((((..........)))))))...)))).((....)))).)))))))(((((.(((.....))))))))... ( -52.30) >danRer1.chrUn/183693162-183693296 AAAAAGGGCAUCUGCUGUGAGUAGCAUAGCUGUGGAAGGGGAUCUCUGACACAGUUACGGAAUCGCUAUCAAGAGAUUUCGGAUGCAUAAUUUUUAAGAAACGGGGCUGCUAAUGAUCGUAGGUCUUGGCGCCC (((((..((((((((((....)))))((((((((..((((...))))..))))))))(((((((.((....)).))))))))))))....)))))........((((.(((((.(((.....)))))))))))) ( -47.90) >fr1.chrUn/250163148-250163279 AAAAAGGGCUUCUGCUGUGCUUAGCACAGGCGGAGUGGUGAUUAUCACGCCGCCUGCGGAAUCGCCAUCAAGAGAUUUCGGAAGCACAAUUUUUAUAACUGGGACUGCCGGUGAUCACAUGUCCCGGCGUC (((((..((((((((((....)))))(((((((.(((((....))))).)))))))(((((((..........))))))))))))....)))))........(((.(((((.(((.....))))))))))) ( -51.00) >consensus AAAAAGGGCUUCUGCCGUGAGUGGCACA_____CGCAG___GGCAACUCGAUCGCUCUGCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUU_UGGUAAUUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCC_ .......((((((((((....))))).......(((((...(((((.....))))))))))..(((((((..........))))))))))))...................(((.(((((.(((.....))))))))))). (-35.39 = -33.38 + -2.00)