Structure #6220

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr1
Strand +
Position 28,795,727 - 28,795,859
Number of sequences 6
Organisms human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu
Mean pairwise identity 75.45
Columns 141
Mean single MFE -49.72
Consensus MFE -35.39
Combinations/base pair 58 / 38 = 1.53
SCI 0.71
z-score -2.05
RNA class probability 0.981356

This structure is part of cluster 1394

Alignment

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 141
 Columns: 141
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  75.45
 Mean single sequence MFE: -49.72
 Consensus MFE: -35.39
 Energy contribution: -33.38
 Covariance contribution:  -2.00
 Mean z-score:  -2.05
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:   1.89
 SVM RNA-class probability: 0.981356
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr1/28795727-28795859
AAAAAGGGCUUCUGUCGUGAGUGGCACACGUAGGGCAACUCGAUUGCUCUGCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUUUGGUAUUUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCCC
((((((.((((((((((....)))))((((((((((((.....))))))))))))(((((((..........))))))))))))....)))))).......((((.(((((.(((.....)))))))))))) ( -52.70)
>canFam1.chr2/15205046-15204915
AAAAAGGGCUUCUGUCGUGAGUGGCACACGUAGGGCAGCUCCAUUGCUCUUCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUUUGGUACCUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCC
....(((......((((....(.((((....(((((((.....)))))))..)))).)...))))(((((((((((.(....)...))))))))))).))).(((.(((((.(((.....))))))))))) ( -46.20)
>mm5.chr4/23622275-23622144
AAAAAGGGCUUCUGUCGUGAGUGGCACACGCAGGGCAACUCGAUUGCUGUGCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUUUGGUAAUUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCC
((((((.((((((((((....)))))((((((.(((((.....))))).))))))(((((((..........))))))))))))....))))))........(((.(((((.(((.....))))))))))) ( -48.20)
>galGal2.chr23/3792058-3791934
AAAAAGGGCUUCUGCCGUGCGUGGCACGGGGGGGCUUCGGCCGCCCUCGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCACAAUUUUUGUGGGAGGGGUCGCCGGUAACCGCUCGUUCUGGCGCC
......(((((((.((((((......(((((((((....))).))))))(((((((..........)))))))...)))).((....)))).)))))))(((((.(((.....))))))))... ( -52.30)
>danRer1.chrUn/183693162-183693296
AAAAAGGGCAUCUGCUGUGAGUAGCAUAGCUGUGGAAGGGGAUCUCUGACACAGUUACGGAAUCGCUAUCAAGAGAUUUCGGAUGCAUAAUUUUUAAGAAACGGGGCUGCUAAUGAUCGUAGGUCUUGGCGCCC
(((((..((((((((((....)))))((((((((..((((...))))..))))))))(((((((.((....)).))))))))))))....)))))........((((.(((((.(((.....)))))))))))) ( -47.90)
>fr1.chrUn/250163148-250163279
AAAAAGGGCUUCUGCUGUGCUUAGCACAGGCGGAGUGGUGAUUAUCACGCCGCCUGCGGAAUCGCCAUCAAGAGAUUUCGGAAGCACAAUUUUUAUAACUGGGACUGCCGGUGAUCACAUGUCCCGGCGUC
(((((..((((((((((....)))))(((((((.(((((....))))).)))))))(((((((..........))))))))))))....)))))........(((.(((((.(((.....))))))))))) ( -51.00)
>consensus
AAAAAGGGCUUCUGCCGUGAGUGGCACA_____CGCAG___GGCAACUCGAUCGCUCUGCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUU_UGGUAAUUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCC_
.......((((((((((....))))).......(((((...(((((.....))))))))))..(((((((..........))))))))))))...................(((.(((((.(((.....))))))))))). (-35.39 = -33.38 +  -2.00) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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