Structure #717

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr21
Strand	+
Position	31,958,501 - 31,958,660
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, zebrafish
Mean pairwise identity	81.46
Columns	166
Mean single MFE	-53.66
Consensus MFE	-46.84
Combinations/base pair	68 / 47 = 1.45
SCI	0.87
z-score	-3.82
RNA class probability	0.999422

This structure is part of cluster 64035

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 166
 Columns: 166
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  81.46
 Mean single sequence MFE: -53.66
 Consensus MFE: -46.84
 Energy contribution: -44.56
 Covariance contribution:  -2.28
 Mean z-score:  -3.82
 Structure conservation index:   0.87
 SVM decision value:   3.59
 SVM RNA-class probability: 0.999422
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr21/31958501-31958660
AUAAGCACUGUGCUAAAAUUGCAGGAACUGGGACCAUAUCCUGAUUUUUGUAAUAAUGCCAGCAGAGUACACACAAGAAAAGUAACUGCACUAGAUUGUGAAGACUGGGGUGGACCUGCUUCUGAAGGUCCAGUGCCCUUUGUCUUAAGAUUUGGUGUA
....(.(((.((((...((((((((((..((((.....))))..))))))))))......)))).))).)................(((((((((((...(((((.(((((((((((........))))))...)))))..)))))..))))))))))) ( -55.50)
>canFam1.chr34/22437173-22437333
AUAAGCACUGUGCUAAAAUUGCAGAAACUAGGAUUGCCUUAGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAAAGUAACUGCACUGGAUUGUAGAGACUGGGGUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGUCCUUUGUCUUAAGAUUUGGUGCA
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>mm5.chr15/72065961-72066123
AUAAGCACUGUGCUAAAACUGCAGGAACUAAGAUUCUAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAAAGUAACUGCACUGGAUUGCAAAGACUGGAGUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGUCCUAUGUCAUAAGAUUCGGUGCA
....(((((((((((....(((((((((((((((...))))))))))))))).......)))))...............((...(((...(((((((((....((((..((((.....)))).))))...)))))))))..))).))........)))))). ( -48.30)
>rn3.chr11/7788742-7788580
AUAAGCACUGUGCUAAAAUUACAGGAACUAGGAUUAUAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAGAGUAACUGCACUGGAUUCCAAAGACUGGGGUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGUCCUUUGUCAUAAGAUUCGGUGCA
....(((((((((((..(((((((((((((((((...))))))))))))))))).....)))))............((.((((.(.....(((((((((....((((..((((....))))..))))...)))))))))))))).))........)))))). ( -54.00)
>danRer1.chrUn/77062281-77062443
AAAAGAACUGUGCUAAAAUUGCAGACUCCAGGGUCUCCUGGUUUAUGCGAUGAUGCUAGCAGAGUAUCAUGCGGAAGAAGAGCAAUGGCUCUGCGCUGGAAAUGAAACUGAGUUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGGCUUAUGUUUCAAGGCUCAGAGCA
....(((((.(((((..((((((....(((((....)))))....)))))).....))))).))).)).(((.........)))...((((((.(((.....((((((((((((((((............)))))...))))).)))))).))).)))))). ( -56.00)
>consensus
AUAAGCACUGUGCUAAAAUUGCAGGAACUAGGAUC_UAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUA_CACACAAGAAGAAAAGUAACUGCACUGGAUUGCAA___AGACUGGGGUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGUCCUUUGUCUUAAGAUUCGGUGCA
......(((.(((((..((((((((((((((((.....)))))))))))))))).....))))).))).......................((((((((((.......((((.(((((((((............)))))...))))..))))...)))))))))). (-46.84 = -44.56 +  -2.28)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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