Structure #7641

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr1
Strand	+
Position	38,398,355 - 38,398,464
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	82.29
Columns	110
Mean single MFE	-40.4
Consensus MFE	-28.62
Combinations/base pair	44 / 32 = 1.38
SCI	0.71
z-score	-3.33
RNA class probability	0.997674

This structure is part of cluster 2061

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 110
 Columns: 110
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.29
 Mean single sequence MFE: -40.40
 Consensus MFE: -28.62
 Energy contribution: -26.62
 Covariance contribution:  -2.00
 Mean z-score:  -3.33
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:   2.91
 SVM RNA-class probability: 0.997674
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr1/38398355-38398464
UGCCUUAAAUUCUACCUAGGGAGACAGGCUCACAGCUCAUGAGGCUGUUUGAGAGGUUCCAGAUGAAAGGGGAAUCUUAAAUGAUUCAUUUCCAAGGGCAGAAGGUGGG
...((((..((((.(((..((((((((.((((.......)))).)))))...((((((((...(....).))))))))............)))..))).))))..)))) ( -33.80)
>mm5.chr4/31311122-31311015
CGCCUUAAAUUCUAUCCAGGGAGACAUGCCCAUGGCUUUGGGCUGCUCUCAGGCUCUAGGACAAAAGGGGAAUCUUAAAUGAUUCAACUCCUAGGGCAGAAGGUGGG
((((((............(((((.((.(((((......))))))))))))..(((((((((.....(..(((((......)))))..))))))))))..)))))).. ( -45.70)
>rn3.chr5/29316425-29316318
CGCCUUAAAUUCUACCCAGGGAGACAUGCCCAUGGCUUUGGGCUGCUCUCAGGCUCUAGGACAAAAGGGGAAUCGUAAAUGAUUCAACUCCUAGGGCAGAAGGUGGG
((((((............(((((.((.(((((......))))))))))))..(((((((((.....(..((((((....))))))..))))))))))..)))))).. ( -45.20)
>canFam1.chr15/59876662-59876552
UGCCUUAAAUUCUACCUUGGGAGACAUGCUCACAGCUCAUGAGGCUGUUUGAGAGGCUCCAGAAUGAAAGAGGAAUCUUAAAUGAUUCAUUUCCAAGGGCAGAAGGUGGG
...((((..((((.(((((((((.(...(((((((((.....))))))..)))..))))).....((((...(((((......))))).)))))))))..))))..)))) ( -36.90)
>consensus
CGCCUUAAAUUCUACCCAGGGAGACAUGCCCACAGCU__UGAGGCUGCUCGAA_GGCUCCAGGACAAAAGGGGAAUCUUAAAUGAUUCAACUCCAAGGGCAGAAGGUGGG
(((((.....(((.(((..((((.....(((..((((.....))))(((((.........)))))....)))(((((......)))))..))))..))).)))))))).. (-28.62 = -26.62 +  -2.00) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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