Structure #32369
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr10 |
Strand | + |
Position | 130,490,355 - 130,490,475 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 91.58 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -37.67 |
Consensus MFE | -34.12 |
Combinations/base pair | 39 / 33 = 1.18 |
SCI | 0.91 |
z-score | -1.75 |
RNA class probability | 0.985285 |
This structure is part of cluster 15670
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 90.08 Mean single sequence MFE: -37.67 Consensus MFE: -34.12 Energy contribution: -35.58 Covariance contribution: 1.46 Mean z-score: -1.75 Structure conservation index: 0.91 SVM decision value: 1.78 SVM RNA-class probability: 0.976916 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/130490355-130490475 UAUUAUACGCAGACACCUACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUUUAUCUUGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGA ......((((((...(((.(((....))))))((....)).))))))....(((((..((.((((....))))..))..))))).((((((..(((((....))))).....)))))).. ( -31.50) >canFam1.chr28/40556542-40556662 UAUUAUCCGCAGACACCUACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUCUAUCUCGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGA ....((((((((...(((.(((....))))))((....)).(((((.((((((((...((.((((....))))..))....)))))))).)))))..))))))))............... ( -39.80) >mm5.chr7/123926638-123926758 UAUUAUCCGCAGACACCCACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUUCAUCUUGCUCGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUACAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGG ....((((((((...(((.(((....))).)))........(((((.((((((((......((((....))))........)))))))).)))))..))))))))............... ( -38.64) >rn3.chr1/196166277-196166397 UAUUAUCCGCAGACACCCACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUUCAUCUUGCUGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUACAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGG ....((((((((...(((.(((....))).)))........(((((.((((((((..(((.((((....))))..)))...)))))))).)))))..))))))))............... ( -43.00) >galGal2.chr6/163-277 CACAGACACCUACUGUGAACAGAGGGUAAGGCCACUGUGUUUUAUCUCUAGGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGUAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGA (((((..((((.(((....))).)))).......(((((...(((((((((((.((((....))))..)).)))))))))...)))))..))))).................. ( -35.40) >consensus UAUUAUCCGCAGACACCUACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUUUAUCUUGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGA ....((((((((...(((.(((....))).)))........(((((.((((((((...((.((((....))))..))....)))))))).)))))..))))))))............... (-34.12 = -35.58 + 1.46)