Structure #32369

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr10
Strand +
Position 130,490,355 - 130,490,475
Number of sequences 5
Organisms human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity 91.58
Columns 120
Mean single MFE -37.67
Consensus MFE -34.12
Combinations/base pair 39 / 33 = 1.18
SCI 0.91
z-score -1.75
RNA class probability 0.985285

This structure is part of cluster 15670

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  90.08
 Mean single sequence MFE: -37.67
 Consensus MFE: -34.12
 Energy contribution: -35.58
 Covariance contribution:   1.46
 Mean z-score:  -1.75
 Structure conservation index:   0.91
 SVM decision value:   1.78
 SVM RNA-class probability: 0.976916
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr10/130490355-130490475
UAUUAUACGCAGACACCUACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUUUAUCUUGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGA
......((((((...(((.(((....))))))((....)).))))))....(((((..((.((((....))))..))..))))).((((((..(((((....))))).....)))))).. ( -31.50)
>canFam1.chr28/40556542-40556662
UAUUAUCCGCAGACACCUACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUCUAUCUCGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGA
....((((((((...(((.(((....))))))((....)).(((((.((((((((...((.((((....))))..))....)))))))).)))))..))))))))............... ( -39.80)
>mm5.chr7/123926638-123926758
UAUUAUCCGCAGACACCCACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUUCAUCUUGCUCGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUACAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGG
....((((((((...(((.(((....))).)))........(((((.((((((((......((((....))))........)))))))).)))))..))))))))............... ( -38.64)
>rn3.chr1/196166277-196166397
UAUUAUCCGCAGACACCCACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUUCAUCUUGCUGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUACAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGG
....((((((((...(((.(((....))).)))........(((((.((((((((..(((.((((....))))..)))...)))))))).)))))..))))))))............... ( -43.00)
>galGal2.chr6/163-277
CACAGACACCUACUGUGAACAGAGGGUAAGGCCACUGUGUUUUAUCUCUAGGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGUAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGA
(((((..((((.(((....))).)))).......(((((...(((((((((((.((((....))))..)).)))))))))...)))))..))))).................. ( -35.40)
>consensus
UAUUAUCCGCAGACACCUACUGUGAACAGAGGGGGAGGCCACUGUGUUUUAUCUUGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGA
....((((((((...(((.(((....))).)))........(((((.((((((((...((.((((....))))..))....)))))))).)))))..))))))))............... (-34.12 = -35.58 +   1.46) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

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