Structure #32370
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr10 |
| Strand | + |
| Position | 130,490,395 - 130,490,515 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 94.67 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -43.89 |
| Consensus MFE | -43.18 |
| Combinations/base pair | 47 / 42 = 1.12 |
| SCI | 0.98 |
| z-score | -4.49 |
| RNA class probability | 0.999978 |
This structure is part of cluster 15670
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 94.67 Mean single sequence MFE: -43.89 Consensus MFE: -43.18 Energy contribution: -42.50 Covariance contribution: -0.68 Mean z-score: -4.49 Structure conservation index: 0.98 SVM decision value: 5.19 SVM RNA-class probability: 0.999978 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/130490395-130490515 ACUGUGUUUUAUCUUGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGAAAGUCCACUUUGAACACUGAUUUCAAAGCCUACAGGGGGU .(((((.((((((((...((.((((....))))..))....)))))))).))))).(((((((((((...((((.((((((((....)))).....)))).))))))))))))))).... ( -40.50) >canFam1.chr28/40556582-40556702 ACUGUGUUCUAUCUCGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGAAAGUCCACUUUGAACACUGAUUUCAAAGCCUACAGGGGGU .(((((.((((((((...((.((((....))))..))....)))))))).))))).(((((((((((...((((.((((((((....)))).....)))).))))))))))))))).... ( -44.90) >mm5.chr7/123926678-123926798 ACUGUGUUUCAUCUUGCUCGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUACAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGGAAGUCCACUUUGAACACUGAUUUCAAAGCCUACAGGGUAU .(((((.((((((((......((((....))))........)))))))).))))).(((((((((((...((((.((((....((......))...)))).))))))))))))))).... ( -42.84) >rn3.chr1/196166317-196166437 ACUGUGUUUCAUCUUGCUGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUACAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGGAAGUCCACUUUGAACACUGAUUUCAAAGCCUACAGGGUAU .(((((.((((((((..(((.((((....))))..)))...)))))))).))))).(((((((((((...((((.((((....((......))...)))).))))))))))))))).... ( -47.20) >galGal2.chr6/197-317 ACUGUGUUUUAUCUCUAGGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGUAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGAAAGUCCACUUUGAACACUGAUUUCAAAGCCUACAGGGGGU .(((((...(((((((((((.((((....))))..)).)))))))))...))))).(((((((((((...((((.((((((((....)))).....)))).))))))))))))))).... ( -44.00) >consensus ACUGUGUUUUAUCUUGCCGGUGUCAUGUUUGACUUCCAUUAGGGAUGGAUUAUAGACCUGUGGGUUUUCAUGAAUUCAGAAAGUCCACUUUGAACACUGAUUUCAAAGCCUACAGGGGGU .(((((.((((((((...((.((((....))))..))....)))))))).))))).(((((((((((...((((.((((((((....)))).....)))).))))))))))))))).... (-43.18 = -42.50 + -0.68)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
