Structure #32876
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr11 |
Strand | - |
Position | 2,107,747 - 2,107,863 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 76.59 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -66.25 |
Consensus MFE | -52.42 |
Combinations/base pair | 61 / 41 = 1.49 |
SCI | 0.79 |
z-score | -5.64 |
RNA class probability | 0.999264 |
This structure is part of cluster 15949
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 76.59 Mean single sequence MFE: -66.25 Consensus MFE: -52.42 Energy contribution: -51.30 Covariance contribution: -1.12 Mean z-score: -5.64 Structure conservation index: 0.79 SVM decision value: 3.47 SVM RNA-class probability: 0.999264 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr11/2107863-2107747 ACCCUGCCUUGUCUCCAGGAGGUCCGAAGCUCUGUGGGACCUCUUGGGGGCAAGGUGGGGUGAGGCCGGGGAGUAGGGAGGUCAGGCGGGUCUGAGCCCACAGAGCAGGAGAGCUG ..(((((((((((((((((((((((.(.......).))))))))))))))))))(((((.(.(((((.(.((.(.....).))...).))))).).)))))...)))))....... ( -63.10) >canFam1.chr18/56651182-56651064 ACCCUGUCUUGUCCCCAGGAGGCUCAGAGCUCCACGGGGCAUCCUGGGGCCCAGGCAGGGUGAGGUCGGGGAGUAGGGGAGGUCAGGAGGAUGCAGGCCCUGCAGAGCAGGAGAGCUG (((((((((.(.((((((((.((((...(.....).)))).)))))))).).)))))))))...........((((((...(.((......)))...))))))..(((......))). ( -51.30) >mm5.chr7/116-0 ACCCCACCUUGCCCCCAGGAGGUCUGGAGCUCUACAGACCUCCUGGGGGCAAGGUGGGGUGAGGCCCGGAGUUGGGGAAGCUAGGAGGCUUAAAGCCUACAGAGCCAGGAGAACUG ((((((((((((((((((((((((((........))))))))))))))))))))))))))....((((....))))...(((..(((((.....)))).)..)))(((.....))) ( -77.70) >rn3.chr1/117-0 ACCCCAUCUUACCCUCAGGAGGUCUGGAGCUCUACAGACCUCCUGGGGGCAAGGUGGGGUGAGGCCUGGAGCUGGGGAAGCGAGGAGGCUUUAAAGCCUUCAGAGCCAGGAGAACUG ((((((((((.(((((((((((((((........))))))))))))))).)))))))))).((.(((((.(((.....)))..(((((((....)))))))....)))))....)). ( -72.90) >consensus ACCCCACCUUGCCCCCAGGAGGUCCGGAGCUCUACAG_ACCUCCUGGGGGCAAGGUGGGGUGAGGCCGGGAAGU_GGGGAAGCCAGGAGGCUUUAA_GCCC_ACAGAGC_AGGAGAACUG ((((((((((((((((((((((((((........))).)))))))))))))))))))))))..(((..((((((..((....))....))))))...)))...(((..(.....)..))) (-52.42 = -51.30 + -1.12)