Structure #32880

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr11
Strand	+
Position	2,107,784 - 2,107,901
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	78.79
Columns	120
Mean single MFE	-68.77
Consensus MFE	-57.85
Combinations/base pair	57 / 44 = 1.30
SCI	0.84
z-score	-5.35
RNA class probability	0.999135

This structure is part of cluster 15949

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  78.79
 Mean single sequence MFE: -68.78
 Consensus MFE: -57.85
 Energy contribution: -59.47
 Covariance contribution:   1.63
 Mean z-score:  -5.35
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   3.39
 SVM RNA-class probability: 0.999135
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr11/2107784-2107901
UCCCUACUCCCCGGCCUCACCCCACCUUGCCCCCAAGAGGUCCCACAGAGCUUCGGACCUCCUGGAGACAAGGCAGGGUGCUGAGGGGCGGGCAAGAUGUCACCGAGGGAGAGGGGA
(((((.(((((((((((((...(((((((((((((.(((((((...........))))))).))).)....))))))))).)))))((((.......)))).))).))))).))))) ( -61.50)
>canFam1.chr18/56651102-56651222
UCCCCUACUCCCCGACCUCACCCUGCCUGGGCCCCAGGAUGCCCCGUGGAGCUCUGAGCCUCCUGGGGACAAGACAGGGUGCUGAGGAAACGGGCAAGGUGUCACCGAGGGGUGGGGGGA
(((((((((((.((....((((.(((((.((((((.(..(.(((((.(((((.....).)))))))))...)..).))).)))..(....)))))).))))....)).))))))))))). ( -63.50)
>mm5.chr7/38-154
UCCCCAACUCCGGGCCUCACCCCACCUUGCCCCCAGGAGGUCUGUAGAGCUCCAGACCUCCUGGGGGCAAGGUGGGGUGCUGAGGAGUGGGCAAGAUGACACUGAGGGACGGGAGA
.......((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((........)))))))))))))))))))))))))).......((((..........))))))))..).)))). ( -79.20)
>rn3.chr1/39-156
UCCCCAGCUCCAGGCCUCACCCCACCUUGCCCCCAGGAGGUCUGUAGAGCUCCAGACCUCCUGAGGGUAAGAUGGGGUGCUGAGGAGUGGGCAAGAUGACACUGAGGGGCACGGGGA
(((((.(((((...((((((((((.(((((((.(((((((((((........))))))))))).))))))).))))))...))))((((..........))))..)))))..))))) ( -70.90)
>consensus
UCCCC_ACCCCCCGGCCUCACCCCACCUUGCCCCCAGGAGGU_CCGUAGAGCUCCAGACCUCCUGGGGACAAGACAGGGUGCUGAGG_AGCGGGCAAGAUGACACCGAGGGACA_GGGGA
((((((.(((((...(((((((((((((((((((((((((((.(((........))))))))))))))))))))))))))...))))...(((...........))).))))).)))))) (-57.85 = -59.47 +   1.63)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

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