Structure #32885

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr11
Strand	-
Position	2,107,784 - 2,107,901
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	78.79
Columns	120
Mean single MFE	-72.05
Consensus MFE	-63.55
Combinations/base pair	66 / 44 = 1.50
SCI	0.88
z-score	-6.25
RNA class probability	0.99008

This structure is part of cluster 15949

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  78.79
 Mean single sequence MFE: -72.05
 Consensus MFE: -63.55
 Energy contribution: -61.43
 Covariance contribution:  -2.12
 Mean z-score:  -6.25
 Structure conservation index:   0.88
 SVM decision value:   2.20
 SVM RNA-class probability: 0.990080
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr11/2107901-2107784
UCCCCUCUCCCUCGGUGACAUCUUGCCCGCCCCUCAGCACCCUGCCUUGUCUCCAGGAGGUCCGAAGCUCUGUGGGACCUCUUGGGGGCAAGGUGGGGUGAGGCCGGGGAGUAGGGA
..((((((((((.((..(....)..)).(((......(((((..(((((((((((((((((((.(.......).)))))))))))))))))))..))))).))).)))))).)))). ( -74.80)
>canFam1.chr18/56651222-56651102
UCCCCCCACCCCUCGGUGACACCUUGCCCGUUUCCUCAGCACCCUGUCUUGUCCCCAGGAGGCUCAGAGCUCCACGGGGCAUCCUGGGGCCCAGGCAGGGUGAGGUCGGGGAGUAGGGGA
(((((.((((....))))....(((.((((...((((...(((((((((.(.((((((((.((((...(.....).)))).)))))))).).))))))))))))).)))))))..))))) ( -64.60)
>mm5.chr7/154-38
UCUCCCGUCCCUCAGUGUCAUCUUGCCCACUCCUCAGCACCCCACCUUGCCCCCAGGAGGUCUGGAGCUCUACAGACCUCCUGGGGGCAAGGUGGGGUGAGGCCCGGAGUUGGGGA
.........................((((((((.(..(((((((((((((((((((((((((((........)))))))))))))))))))))))))))..)...)))).)))).. ( -78.80)
>rn3.chr1/156-39
UCCCCGUGCCCCUCAGUGUCAUCUUGCCCACUCCUCAGCACCCCAUCUUACCCUCAGGAGGUCUGGAGCUCUACAGACCUCCUGGGGGCAAGGUGGGGUGAGGCCUGGAGCUGGGGA
((((((.((.((..((((..........))))((((...((((((((((.(((((((((((((((........))))))))))))))).))))))))))))))...)).)))))))) ( -70.00)
>consensus
UCCCC_CGCCCCUCAGUGACAUCUUGCCCACU_CCUCAGCACCCCACCUUGCCCCCAGGAGGUCCGGAGCUCUACAG_ACCUCCUGGGGGCAAGGUGGGGUGAGGCCGGGAAGU_GGGGA
(((((..(((((..((((..........)))).((((...((((((((((((((((((((((((((........))).)))))))))))))))))))))))))))...)))))..))))) (-63.55 = -61.43 +  -2.12)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

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