Structure #33298
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr11 |
| Strand | + |
| Position | 8,663,564 - 8,663,689 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 76.82 |
| Columns | 126 |
| Mean single MFE | -43.58 |
| Consensus MFE | -39.4 |
| Combinations/base pair | 50 / 38 = 1.32 |
| SCI | 0.9 |
| z-score | -2.47 |
| RNA class probability | 0.995881 |
This structure is part of cluster 16166
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 126 Columns: 126 Strand: + Mean pairwise identity: 76.82 Mean single sequence MFE: -43.58 Consensus MFE: -39.40 Energy contribution: -39.88 Covariance contribution: 0.48 Mean z-score: -2.47 Structure conservation index: 0.90 SVM decision value: 2.63 SVM RNA-class probability: 0.995881 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr11/8663564-8663689 GAGACUAGAGUCACAUCCUGACACAACUCUUGUCCUGGUGUGCUAGAGUACUCGAAGAGAAUCUACUGGUCUUGAUUCACUGGUGGGGGCAGUCGGUGCCCCCGUUAGUGCCCAGAUCAGAAACA ((((((..((.((((((..((((.......))))..))))))))..))).)))............(((((((.(...((((..((((((((.....))))))))..)))).).)))))))..... ( -50.70) >canFam1.chr21/34365272-34365397 GAGGCUAGAGUCACAUCCUGACACAUUUCUUGUCCUGGUGUGCUAGAGUCCUCAGAGAGAAUCUGCUGGUCUUGAUUCACUGGCGAGGGCAGUUGGUGCCCCCGGUAGUGCCCAGAUCAGAAACA ((((((..((.((((((..((((.......))))..))))))))..)).))))(((.....))).(((((((.(...(((((.((.(((((.....))))).)).))))).).)))))))..... ( -47.90) >mm5.chr7/96791642-96791763 GAGGCUAGAGUCACAUCCUGACAUGGUGCUUGUCCUGGUGUGCUACAGUUCUCGGAGAGAAUCGCUGGUCUUGAUUCAUUGGUAGGGGCCUUCAGUGUCCCUUCUAGUGCCCAGAUCAGAA ((((((((((.((((((..((((.......))))..))))))))...((((((...))))))..))))))))((((((((((.(((((((....).)))))).))))))....)))).... ( -41.80) >rn3.chr1/167228037-167228159 GAGACUAGAGUCACAUCCUGACAUGGCACUUGUCCUGGUGUGCUAGAGUUCUCGUAGAAAAUCUGCUGGUCUUGAUUCACUGGUAGGGGCUUUCAGUGACCCCAUUAGUGCUCAGAUCAGAA ((((((..((.((((((..((((.......))))..))))))))..)).))))((((.....))))((((((.((..(((((((.(((((.......).))))))))))).))))))))... ( -44.30) >galGal2.chr5/7257069-7257195 GAGAAUAGAGUCACAUCUUUACAUGUUCUGUUGUUCUGGUGUGCUAUCGUUCUCAGAUAUAAACUUCUGAUCCUCAUUCACUGGCUGCGAUACCUCAUAUCUCAGUCAGCCACCAAAUCAGUGACA ((((((..((.((((((...(((........)))...))))))))...))))))............(((((.........(((((((.((((.....)))).))))))).......)))))..... ( -33.19) >consensus GAGACUAGAGUCACAUCCUGACAUG_GCUCUUGUCCUGGUGUGCUAGAGUUCUCGGAGAGAAUCUGCUGGUCUUGAUUCACUGGUAGGGGCAGUCAGUGCCCCCGUUAGUGCCCAGAUCAGAAACA ((((((..((.((((((..((((........))))..))))))))..))).)))............(((((((.....(((((((((((((.......)))))))))))))...)))))))..... (-39.40 = -39.88 + 0.48)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
