Structure #33300
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr11 |
| Strand | + |
| Position | 8,662,345 - 8,662,478 |
| Number of sequences | 6 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu |
| Mean pairwise identity | 71.55 |
| Columns | 145 |
| Mean single MFE | -53.15 |
| Consensus MFE | -39.34 |
| Combinations/base pair | 57 / 37 = 1.54 |
| SCI | 0.74 |
| z-score | -4.17 |
| RNA class probability | 0.977388 |
This structure is part of cluster 16165
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 145 Columns: 145 Strand: + Mean pairwise identity: 71.55 Mean single sequence MFE: -53.15 Consensus MFE: -39.34 Energy contribution: -36.74 Covariance contribution: -2.60 Mean z-score: -4.17 Structure conservation index: 0.74 SVM decision value: 1.79 SVM RNA-class probability: 0.977388 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr11/8662345-8662478 UGUCAUCGAGGCUAGAGUCACGCUUGGGUAUCGGCUAUUGCCUGAGUGUGCUAGAGUCCUCGAAGAGUAACUGCUGACCUUAUUCACUGGCUGUGGGCCUUAUGGCACAGUCAGUCACCAGGUUAGAGACAUG ((((.((((((((..((.((((((..((((........))))..))))))))..)).))))))..........(((((((.....(((((((((..(((....))))))))))))....))))))).)))).. ( -61.70) >mm5.chr7/96790477-96790610 UGUCCGAGGCUAGAGUCACGCUCAGGUAUUGCUUGUUGCCUUAGUGUGCUUAAGUCCUCGAAGAAUAACUGCUGACCUUAUUCACUGGCUGUGUGGACUUUCUGGCACAGUCAGUCACCAGGUUAGUGACAUA (((((((((((.(((.((((((.(((((........))))).))))))))).)).)))))..........((((((((.....(((((((((((.(......).)))))))))))....)))))))))))).. ( -58.10) >rn3.chr1/167226960-167227091 UGUCCGAGGCUAGAGUCACGCUCAGGUAUUGCUUGUUGCCUCAGUGUGCUAGAGUCCUCGAAGAAAAACUACUGACCUUAUUCACUGGCUGUGGACUUUAUGGCGCAGUCAGUCACCAGGUUAGUGACAUA (((((((((((..((.((((((.(((((........))))).))))))))..)).)))))..........((((((((.....((((((((((..(.....).))))))))))....)))))))))))).. ( -54.70) >galGal2.chr5/7256019-7256159 UGUCUUAAUGCCGAGACUAGAGUCACGUCUGGACAGUGCCUGUUGUCCCGAUGUGCUAGAGUACUCGAAUAGUAACCACUAAUCUAUAUUCACUGGCUGUGACCACUCCUGUCUCGGUCAGUCACCAGAUUAGUGACAGG ((((.......(((((((..((.((((((.((((((......)))))).))))))))..))).))))..........((((((((......((((((((.(((.......))).))))))))....)))))))))))).. ( -51.90) >danRer1.chrUn/71459398-71459268 AGCGAGACUAGAGUCACAUCCUGACGUUGCUCGUUGUCUUGGUGUGCUAUAGUACUCGCAGAAUAACCUCUCUGCUUAUUCAUUGGCUGCUGCUUUCCAUUGCCCAGCCAAUCACCAGCUCUGAAACAUG .(((((((((.((.((((((..((((........))))..)))))))).)))).))))).((((((.(.....).))))))((((((((..((........)).)))))))).................. ( -43.00) >fr1.chrUn/288715553-288715682 AGCGAGGCUAGAGUCACGCCUGGACACGCUCCAUUGUCCUGGUGUGCUAGAGCGCUCGCAGAGGAAACCUCUUUGCUUAUUCAUUGGCUGUAGUCUGUUGUGGCCCAGUCAACCACCAGCUCAGAAACA .((((((((..((.((((((.(((((........))))).))))))))..))).)))))(((((...)))))..(((......(((((((..(((......))).))))))).....)))......... ( -49.50) >consensus UGUC_______CGAGGCUAGAGUCACGCCCGGACAUUGCCUGUUGCCUUAGUGUGCUAGAGUCCUCGAAGA_AUAACCACUGACCU_UAUUCACUGGC__UGUGGAC_U_U_UAUGGCACAGUCAGUCACCAGGUUAGAGACAUG ...........(((((((..((.((((((.(((((........))))).))))))))..))).))))..........(((((((((......((((((...((.............))...))))))....)))))))))..... (-39.34 = -36.74 + -2.60)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
