Structure #33302
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr11 |
Strand | - |
Position | 8,662,345 - 8,662,478 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu |
Mean pairwise identity | 71.55 |
Columns | 145 |
Mean single MFE | -41.89 |
Consensus MFE | -17.59 |
Combinations/base pair | 33 / 24 = 1.38 |
SCI | 0.42 |
z-score | -1.72 |
RNA class probability | 0.517108 |
This structure is part of cluster 16165
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 145 Columns: 145 Strand: + Mean pairwise identity: 71.55 Mean single sequence MFE: -41.88 Consensus MFE: -17.59 Energy contribution: -16.07 Covariance contribution: -1.52 Mean z-score: -1.72 Structure conservation index: 0.42 SVM decision value: -0.03 SVM RNA-class probability: 0.517108 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr11/8662478-8662345 CAUGUCUCUAACCUGGUGACUGACUGUGCCAUAAGGCCCACAGCCAGUGAAUAAGGUCAGCAGUUACUCUUCGAGGACUCUAGCACACUCAGGCAAUAGCCGAUACCCAAGCGUGACUCUAGCCUCGAUGACA ..((((.((.((((..(.((((.(((((((....)))..)))).)))).)...)))).))..........((((((.((..(((((.((..(((....)))(.....).)).))).))..)))))))).)))) ( -40.80) >mm5.chr7/96790610-96790477 UAUGUCACUAACCUGGUGACUGACUGUGCCAGAAAGUCCACACAGCCAGUGAAUAAGGUCAGCAGUUAUUCUUCGAGGACUUAAGCACACUAAGGCAACAAGCAAUACCUGAGCGUGACUCUAGCCUCGGACA ..((((.((.((((..(.((((.(((((............))))).)))).)...)))).))...........(((((.((..(((((.((.(((............))).)).))).))..))))))))))) ( -38.70) >rn3.chr1/167227091-167226960 UAUGUCACUAACCUGGUGACUGACUGCGCCAUAAAGUCCACAGCCAGUGAAUAAGGUCAGUAGUUUUUCUUCGAGGACUCUAGCACACUGAGGCAACAAGCAAUACCUGAGCGUGACUCUAGCCUCGGACA ..(((((((.((((..(.((((.(((.((......))...))).)))).)...)))).)))..........(((((.((..(((((.((.(((............))).)).))).))..))))))))))) ( -37.90) >galGal2.chr5/7256159-7256019 CCUGUCACUAAUCUGGUGACUGACCGAGACAGGAGUGGUCACAGCCAGUGAAUAUAGAUUAGUGGUUACUAUUCGAGUACUCUAGCACAUCGGGACAACAGGCACUGUCCAGACGUGACUCUAGUCUCGGCAUUAAGACA ...((((((.....))))))((.(((((((..(((((((...(((((.(((.......))).))))))))))))((((.......(((.((.(((((........))))).)).)))))))..)))))))))........ ( -47.11) >danRer1.chrUn/71459268-71459398 CAUGUUUCAGAGCUGGUGAUUGGCUGGGCAAUGGAAAGCAGCAGCCAAUGAAUAAGCAGAGAGGUUAUUCUGCGAGUACUAUAGCACACCAAGACAACGAGCAACGUCAGGAUGUGACUCUAGUCUCGCU .((.((((...(((..(.((((((((.((........))..)))))))).)...))).)))).))......(((((.((((.((((((((..(((..........))).)).)))).)).))))))))). ( -42.20) >fr1.chrUn/288715682-288715553 UGUUUCUGAGCUGGUGGUUGACUGGGCCACAACAGACUACAGCCAAUGAAUAAGCAAAGAGGUUUCCUCUGCGAGCGCUCUAGCACACCAGGACAAUGGAGCGUGUCCAGGCGUGACUCUAGCCUCGCU (((((((((((((((((((.....))))))..))).)).))).........))))).(((((...)))))(((((.(((..(((((.((.(((((........))))).)).))).))..)))))))). ( -44.60) >consensus CAUGUCACUAACCUGGUGACUGACUGGGCCAUA_A_A_GGCCACA__GCCAGUGAAUA_AGGUCAGAAGUUAC_UCUUCGAGGACUCUAGCACACCAAGACAACAAGCAAUACCCAAGCGUGACUCUAGCCUCG_______GACA ......(((.((((..(.((((...........................)))).)....)))).)))...........((((........(((.((.(((............))).)).)))........))))........... (-17.59 = -16.07 + -1.52)