Structure #33729
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr11 |
Strand | + |
Position | 13,693,511 - 13,693,625 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 77.68 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -29.4 |
Consensus MFE | -19.43 |
Combinations/base pair | 40 / 29 = 1.38 |
SCI | 0.66 |
z-score | -1.75 |
RNA class probability | 0.738501 |
This structure is part of cluster 16399
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 77.68 Mean single sequence MFE: -29.40 Consensus MFE: -19.43 Energy contribution: -20.12 Covariance contribution: 0.69 Mean z-score: -1.75 Structure conservation index: 0.66 SVM decision value: 0.44 SVM RNA-class probability: 0.738501 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr11/13693511-13693625 GUCAUUGUUAUUAUAAGCUGAAAUUAAGCCCUUCUCUCCCUCUUAAAAACCUAGGGAUGAGUUUGUAUAGGGGAUUAAGGGCAAAAGUUUUGCUUCAAAUGGAUGGUGCAGUUU (.(((..((.....((((.((((((..((((((...(((((..((.(((((.......).)))).))..)))))..))))))...))))))))))......))..))))..... ( -29.70) >canFam1.chr21/38836454-38836569 GUCAUUGUUAUUAUAAGCUGAAAUUGAGCCCGUCUCUCUCCCUUAAAAACUUAGAGGUGAGUCUAUAGGGGAUUAAGGGCAAAAUGUUUUGCCCUGUGAGUGGAUUGUGCAGUUU ..............((((((....(((..(((.(((.((((((((.(.(((((....))))).).)))))))...((((((((....))))))))).)))))).)))..)))))) ( -32.60) >mm5.chr7/100825043-100825162 GUCAUUGUUAUUAUAAGCUGAAAUUGAAUCUCUUCCCUCUCUCCCUUAAUAAUCUAGGGGUGAGUUUUUAUGGGGGAGUCAGAGUAAAAUAUUUUGCUUUAAAGUAGAUGGUUUAGUUU ..............((((((((.....((((((((((((((.((((((......)))))).))).......)))))))..((((((((....)))))))).....))))..)))))))) ( -31.11) >rn3.chr1/171543249-171543357 GUCAUUGUUAUUAUAAGCUGAAGUUGAGUCUCUCCCCUCUAUCUAGGGGUGAGUUUUUACAGGGGAUUUACAGUAAAAUAUUUUGCUUUAAAGUAGAUGGUUUAGUUU ..............((((((((((.(((.(((.(((((......))))).))).))).)).....((((((((((((....)))))).....))))))..)))))))) ( -24.20) >consensus GUCAUUGUUAUUAUAAGCUGAAAUUGAGCCC_U___CUCUCCCCCUUAAAAACCUAGGGGUGAGUUUUUAUAGGGGAUUAAGAGCAAAAUAUUUUGCUUUA_AAGUAGAUGGUGCAGUUU ..............((((((((......((((......(((.((((((......)))))).))).......)))).....((((((((....))))))))............)))))))) (-19.43 = -20.12 + 0.69)