Structure #34340

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr11
Strand	+
Position	18,681,279 - 18,681,384
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	80.34
Columns	110
Mean single MFE	-51.27
Consensus MFE	-35.78
Combinations/base pair	47 / 37 = 1.27
SCI	0.7
z-score	-2.48
RNA class probability	0.985265

This structure is part of cluster 16746

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 110
 Columns: 110
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  80.34
 Mean single sequence MFE: -51.27
 Consensus MFE: -35.78
 Energy contribution: -37.40
 Covariance contribution:   1.62
 Mean z-score:  -2.48
 Structure conservation index:   0.70
 SVM decision value:   2.00
 SVM RNA-class probability: 0.985265
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr11/18681279-18681384
GAGGGCAUGGGGGCAUGGUGCCAGAGGCUCUGGCUGUCCUCACAGCCUAGUCACAGUCCUGGGCAGUGCAUCUUGGUGCCAGGCUGGCUACCUGGCUCUGGUGA
.....(((.(((((..((((((((.((((..((((((....)))))).)))).....(((((.((.(.......).)))))))))))).)))..))))).))). ( -46.10)
>mm5.chr7/34463363-34463472
CAGGGGGUAGAGGCAUGGUGCCAGAAGCCCUGCUUGUCCUCACAGCCUGGGUCAGAGUCAUCUUGGCUCAGGCAUCUUGGCACUAGGCUGGCUCCCUGGCUGUGCUGA
((((((((...(((.(((((((((((((...)))).........((((((((((((....)).))))))))))...))))))))).))).)))))))).......... ( -53.30)
>rn3.chr1/97687023-97687132
CAGGGGGUGGAGGCAUGGUGCCAGGAGCCCUGGUUGUCCUCACAGCCUGGGUCAGAGUCAUCUUGGCUCAGGCAUCUUGGCACUAGGCUGGCUCUCUGGCUGUGCUGA
((((((((...(((.(((((((((((((((.((((((....)))))).))))..(((((.....))))).....))))))))))).))).)))))))).......... ( -54.30)
>canFam1.chr21/43335515-43335621
AGGAGGGUAUGGGGGCAUGGUGCCAGGGCCCUGGAUGUCCUUACAGCUUGGGUCACAGUGCUGGCCAGUGCGUCUUGGCGCCAGGCUGGCUCCCUGGCUCUGGUGA
...(((((..((((((.(((((((((((((((((.........(((((((.....))).)))).)))).).)))))))))))).....))))))..)))))..... ( -51.40)
>consensus
__CAGGGGAUGGAGGCAUGGUGCCAGAAGCCCUGGUUGUCCUCACAGCCUGGGUCACAG___UCCUGGCCAAGGCAUCUUGGCACCAGGCUGGCUCCCUGGCUCUGCUGA
.......(((((((.((.((.(((((....(((((.((.((.....((((((((((((....)).)))))))))).....)))))))))))))).)).)).))))))).. (-35.78 = -37.40 +   1.62)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

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