Structure #35955
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr11 |
Strand | + |
Position | 43,883,929 - 43,884,048 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 86.96 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -29.72 |
Consensus MFE | -20.55 |
Combinations/base pair | 43 / 37 = 1.16 |
SCI | 0.69 |
z-score | -1.66 |
RNA class probability | 0.609943 |
This structure is part of cluster 17698
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 86.96 Mean single sequence MFE: -29.71 Consensus MFE: -20.55 Energy contribution: -22.36 Covariance contribution: 1.81 Mean z-score: -1.66 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 0.15 SVM RNA-class probability: 0.609943 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr11/43883929-43884048 UCCUGUUUGCAAAGAUUAGUCUGGUUCUUUUCCCAGCUAGUUUUAAUUCUAUACUGAAAAAAACAAGCUGGAAAAGGAACUACAAAAGCCAUUUGGCAGGCUGCUAUUUCUCUGUCGGU ..(((...(((.(((.(((((((((((((((.((((((.(((((..(((......))).))))).)))))).)))))))))......(((....))))))))).....))).)))))). ( -37.50) >mm5.chr2/87799747-87799629 CCCUGUUUGCAAAGAGUAGCUUGGUUCGUUCUCCCAUCUAACUCUAAUUCUAUACAGAAGAACAAACUAGAAAAGGAACUACAAAAGCCGCUUGGCAGGCUGCUAUUUCUCUGUCGGU ....((((((...(((..((((.....(((((....((((.......((((....))))........))))...))))).....))))..))).)))))).................. ( -24.36) >rn3.chr3/92673566-92673448 CCCUGUUUGCAAAGAUUAGCCUGGUUCUUUCCCCCAUCUAACUCUAAUUCUAUACAGAAGAGCAAACUAGAAAAGGAACUAUAAAAGCCGCUUGGCAGGCUGCUAUUUCUCUGUCGGU ..(((...(((.(((.((((((((((((((...........((((...(((....)))))))..........))))))))......(((....))))))))).....))).)))))). ( -24.00) >canFam1.chr18/29710292-29710176 CUCUGCUGUAAAGAUUAGUCUGGUUCUUUUCCCAGCUAGCUUUAAUUCUAUCCUGAAAAACAAGCUGGAAAAGGAACUACAAAAGCCAUUUGGCAGGCUGCUAUUUCUCUGUCGGU ....((((((.(((.(((((((((((((((.((((((.(.(((..(((......))))))).)))))).)))))))))......(((....))))))))).....))).)).)))) ( -33.00) >consensus CCCUGUUUGCAAAGAUUAGCCUGGUUC_UUCUCCCAGCUAACUCUAAUUCUAUAC__AGAAAAACAAACUAGAAAAGGAACUACAAAAGCCACUUGGCAGGCUGCUAUUUCUCUGUCGGU ......(((((.(((.(((((((((((.((((((.((((.(((((...............))))).)))))))))).)))))......(((....))))))))).....))).)).))). (-20.55 = -22.36 + 1.81)