Structure #37198
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr11 |
Strand | + |
Position | 62,444,710 - 62,444,825 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, zebrafish |
Mean pairwise identity | 64.61 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -43.86 |
Consensus MFE | -19.95 |
Combinations/base pair | 40 / 28 = 1.43 |
SCI | 0.45 |
z-score | -2.28 |
RNA class probability | 0.980893 |
This structure is part of cluster 18316
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 64.61 Mean single sequence MFE: -43.86 Consensus MFE: -19.95 Energy contribution: -21.84 Covariance contribution: 1.89 Mean z-score: -2.28 Structure conservation index: 0.45 SVM decision value: 1.87 SVM RNA-class probability: 0.980893 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr11/62444710-62444825 UGACACCCACCUUGGCUUCUAGCUUCUCUAUCUGGCCAGCAGCCUGAUUCAGUCCAUCUUGGGGGAGCUGAGGUGGACGGGGGUGGUGGGUUUCAGGGUGCCCUGAGGGAGGACA ....(((((((..((((.((.(((.........))).)).))))..((((.((((((((..(.....)..))))))))..)))))))))))((((((....))))))........ ( -48.90) >mm5.chr19/52924889-52924771 CAACACCCACCUUGGCAUCCAGCUUGUCCAUCUGGCCAGCAGCCUCAUUCAAUCCAUCUUGGGGGGCUGAAGGUGGAUAGGGGAGGUAGGAUUCAGGGUUUCCUGAAGGAGGAGAGAA ......(((((((((.((((.((((.((((((((.((..(((((((...(((......))).)))))))..))))))).))).)))).))))))))))).(((....)))))...... ( -45.60) >rn3.chr1/56624285-56624178 CAACACCCACCUUGGCAUCCAGCUUGUCCAUCUGGCCAGCAGCCUCAUUCAAUCCGUCUUGGGGGGCUGAAGGUGGGUAGGGGAGGUAGGAUUCAGGGUUUCCUGAA ........(((((((.((((.((((.(((..((.(((..(((((((...(((......))).)))))))..))).))..))).)))).)))))))))))........ ( -42.50) >canFam1.chr18/2029741-2029623 UAAUACCCACCUUGGCAUCCAGCUUGUCCAUCUGGCCAGCAACCUGAUUCAGUCCAUCUUGGGGGGACUGGAAAUGGAUGGGGUGGUGGGAUUCAGGGUUCCCUGAAGGAGAAGAGGA .....((((((....(((((((((.(((.....))).))).......((((((((.((....))))))))))..))))))....)))))).((((((....))))))........... ( -46.90) >danRer1.chrNA/309252462-309252563 CUCCACCUAGUUGCCUCUGACCCCAGCAAGCUACCCAGGGGCCCACCUCUCUCCCUGGACUUGCAAUAGAGGCCCUAGGGUACCUUCUGGCCCUCCGCCUA .....(((((..(((((((......(((((....(((((((..........))))))).)))))..))))))).))))).........(((.....))).. ( -35.40) >consensus CAACACCCACCUUGGCAUCCAGCUUGUCCAUCUGGCCAGCAGCCUCAUUCAAUCCAUCUUGGGGGG_CUGGAGGUGGAU_GGGGAGGUAGGAUUCAGGGUUCCCUGAAGGAGGA_G__AA .....((.(((..........(((.(((.....))).)))...........(((((((((.((....)).)))))))))......))).)).((((((....))))))............ (-19.95 = -21.84 + 1.89)