Structure #44296
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr12 |
Strand | - |
Position | 3,231,866 - 3,231,974 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 78.5 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -60.73 |
Consensus MFE | -40.28 |
Combinations/base pair | 41 / 32 = 1.28 |
SCI | 0.66 |
z-score | -3.84 |
RNA class probability | 0.999867 |
This structure is part of cluster 22010
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 78.50 Mean single sequence MFE: -60.73 Consensus MFE: -40.28 Energy contribution: -39.40 Covariance contribution: -0.88 Mean z-score: -3.84 Structure conservation index: 0.66 SVM decision value: 4.31 SVM RNA-class probability: 0.999867 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr12/3231974-3231866 UAGGAGGGGGCUCCGUCCCCACCCCCGGAGCUCUGGGAGUGCAGGGACGGCUAUAUAAGGGCAUGGGGCUGGGGGGAGCCCAGGGGCUGGGAUUUCUCCCUGGCCCCG ..((((....))))((((((((.(((((....))))).)))..))))).(((.......)))..(((((..((((((.(((((...)))))...))))))..))))). ( -63.00) >mm5.chr6/21081741-21081852 UAGGAGGGGCUCUGUCCCUGUCCUGGAGUGCAGGGCAGCUAUAUAAGGACAGCCAUAUAAGGGCAUGGGACUAGGGGGGAGCCCAGGGGGCUGGGGUUUCUCCUGGCCCC .....(((((...((((((((((((.....)))))))(((.((((.((....)).))))..)))..)))))((((((..(.(((((....))))).)..))))))))))) ( -56.30) >rn3.chr4/22680905-22681016 UAGGAGGGGCUCUGUCCCUGUCCUGGAGUGCAGGGCAGCUAUAUAAGGACAACCAUAUAAGGGCAUGGGACUAAGGGGGAGCCCAGGGGGCUGGGGUUUCUCCUGGCCCC ......(((((((((((((((((((.....)))))))(((.((((.((....)).))))..)))..)))))......)))))))..(((((..(((....)))..))))) ( -53.70) >canFam1.chr27/4537680-4537795 UAGUGGAGGGGGGGGGCUCCGUCCCCACCCCCGGAGCUCUGAGAGCAUGGGGACAGCUAUACAAGGGCAUGGGGCUGGGGGGAGCCCAGGGGGCUGGGAUUUCUGCCCGGCCCCG .............(((((((..(((((.(((((..(((((...(((.((....))))).....))))).))))).))))))))))))..(((((((((.......))))))))). ( -69.90) >consensus UAG______GAGGGG_CUCCGUCCCCACCCC_GGAGCGCAGGGAA____UAUAAGGACAGCCAUAUAAGGGCAUGGGACU_GGGGGGAGCCCAGGGGGCUGGGAUUUCUCC_UGGCCCC_ ............(((.((((..(((((((((.....(((...)))..............(((.......)))..)))))..)))))))))))..((((((((((.....)))))))))). (-40.28 = -39.40 + -0.88)