Structure #49260
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr12 |
Strand | + |
Position | 66,338,987 - 66,339,105 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 82.83 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -36.77 |
Consensus MFE | -30.57 |
Combinations/base pair | 39 / 28 = 1.39 |
SCI | 0.83 |
z-score | -3.26 |
RNA class probability | 0.998652 |
This structure is part of cluster 24582
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 82.83 Mean single sequence MFE: -36.77 Consensus MFE: -30.57 Energy contribution: -29.89 Covariance contribution: -0.68 Mean z-score: -3.26 Structure conservation index: 0.83 SVM decision value: 3.17 SVM RNA-class probability: 0.998652 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr12/66338987-66339105 GUACAAUGAGCCUUACUGUAUUUAGUGUGGCAGAAUAAUAACAUCAGUGGCAGGCCACUGAUUACUUCAUGACUGCCACGCAUUUACAGAUUGGUGUCAAAGACAUUCACUAUGUUUU ......((((((...(((((..(.(((((((((.........((((((((....))))))))..........))))))))))..)))))...))).)))(((((((.....))))))) ( -41.81) >canFam1.chr10/13065471-13065588 GUAUGAUGAGCCUUACUGUAUCUAGUGUGGCAGAGUAAUAAACAUCAGUGGCAGGCCAUUGAUUACUUCAUGACUGCUGCGCAUUUACAGAUUGGUGUCAAAGACAUUCACUGUUUU ...((((..(((...(((((....(((..((((..........((((((((....))))))))..........))))..)))...)))))...)))))))((((((.....)))))) ( -35.55) >mm5.chr10/12083342-12083227 GUACGAUGAGCCUUACUGUAUUUAGUGUGGCAGAGAAAUCACAUUGGUGGCAGGCCAUUGAUUCUUCAUGACUGUCACACAUUUACAGAUUGGUCAAACACAUUCACUCUGUUUU ...(((((.(((.(((((....))))).))).((....)).)))))(((((((..(((.((....))))).)))))))......(((((.(((..........))).)))))... ( -33.90) >rn3.chr7/84944455-84944340 AUACGAUGAGCCUUACUGUAUUUAGUGUGGCAGAGUAAUCACAUCGGUGGCAGGCCAUUGAUUCUUCAUGACUGCCACACAUUUACAGAUUGGUCAAACUCAUUCACUCUGUUUU ...(((((.(((.(((((....))))).))).((....)).)))))(((((((..(((.((....))))).)))))))......(((((.(((..........))).)))))... ( -38.20) >galGal2.chr1/31820794-31820913 GUACAAAUAGCCUUACUGUAACUAGUGUGACACAGUAAUAAACAUCAGUGGCUGGCCACUGGUUACAACGUGACUGUCAUGCAUUGCAGCGUGGUGUCAAAGGUAUUACCUUUCUCUUC .........(((((..(((((((((((.(...((((.....((....)).)))).))))))))))))...((((...(((((......)))))..)))))))))............... ( -34.40) >consensus GUACGAUGAGCCUUACUGUAUUUAGUGUGGCAGAGUAAU_AACAUCAGUGGCAGGCCAUUGAUUACUUCAUGACUGCCACGCAUUUACAGAUUGGUGUCAAAGACAUUCACUCUGU_UUU ......((((((...(((((....(((((((((..........((((((((....))))))))..........)))))))))...)))))...))).))).................... (-30.57 = -29.89 + -0.68)