Structure #50139
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr12 |
Strand | + |
Position | 88,267,150 - 88,267,269 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 85.81 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -37.58 |
Consensus MFE | -30.39 |
Combinations/base pair | 43 / 35 = 1.23 |
SCI | 0.81 |
z-score | -2.54 |
RNA class probability | 0.977739 |
This structure is part of cluster 25144
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 85.81 Mean single sequence MFE: -37.58 Consensus MFE: -30.39 Energy contribution: -29.95 Covariance contribution: -0.44 Mean z-score: -2.54 Structure conservation index: 0.81 SVM decision value: 1.80 SVM RNA-class probability: 0.977739 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr12/88267150-88267269 CCCCCACCUUGGAAUGAAUGUACACUUCCAAAGGACUCGUUCCCACAGGGUGGUGGAAGGAACAACAGAGACAGCUAUGUGCCCACAUGCUCAGCCAUCUGCCAUUCCAACCACAUGUC ....(((((((....(((((....((.....))....)))))...)))))))((((..((((...((((...(((.((((....)))))))......))))...))))..))))..... ( -34.70) >mm5.chr10/31610527-31610408 CCCCCAUCCUGGAAUGAAUAUAUGCUUCCAAGGGACUUGUUUCCAGAGCGUGGCGGGAGGAACAACAGAGACAGCUCUGUGCCCACACGCUCAGCCAUCUGCUGUUCCAACCACACUCC ((((((((((((((...(((..(.((.....)).)..))))))))).).)))).))).((((((.((((....(((..(((......)))..)))..)))).))))))........... ( -36.50) >rn3.chr7/106191660-106191540 CCCCCACCUUGGAAUGAAUAUAUACUUCCCAAGGGACUUGUUUCCAGAGCGUGGCGGGAGGAACAACAGAGACAGCUAUGUGCCCACACGCCCAGCCAUCUGCUGUUCCAACCACACUCC ((((((((((((((.......(((..(((....)))..)))))))).)).)))).))).((((((.((((....(((..(((......)))..)))..)))).))))))........... ( -38.51) >canFam1.chr15/33351719-33351839 CCCCCACCCUGGAAUGAAUGUACUCUUCCAAAAGGAUUCAUUUCCAGAGGGUGGUGGAAGGAACAACAGACACAGCCCUGUGCCCACACACACCGCCAUCUGCCGUUCCAACCACAUGUC ....((((((((((.((......))))))....(((......)))..))))))((((..(((((..((((....((..((((......))))..))..))))..)))))..))))..... ( -40.60) >consensus CCCCCACCCUGGAAUGAAUAUACACUU_CCAAAGGACUCGUUUCCAGAGCGUGGCGGAAGGAACAACAGAGACAGCUAUGUGCCCACACGCUCAGCCAUCUGCCGUUCCAACCACACGCC .(((((((((((...(((((....(((....)))....))))))))..)))))).))..((((((.((((....(((..(((......)))..)))..)))).))))))........... (-30.39 = -29.95 + -0.44)