Structure #50140

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr12
Strand -
Position 88,267,150 - 88,267,269
Number of sequences 4
Organisms human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity 85.81
Columns 120
Mean single MFE -50.6
Consensus MFE -35.85
Combinations/base pair 46 / 39 = 1.18
SCI 0.71
z-score -3.08
RNA class probability 0.976819

This structure is part of cluster 25144

Alignment

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  85.81
 Mean single sequence MFE: -50.60
 Consensus MFE: -35.85
 Energy contribution: -37.23
 Covariance contribution:   1.38
 Mean z-score:  -3.08
 Structure conservation index:   0.71
 SVM decision value:   1.78
 SVM RNA-class probability: 0.976819
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr12/88267269-88267150
GACAUGUGGUUGGAAUGGCAGAUGGCUGAGCAUGUGGGCACAUAGCUGUCUCUGUUGUUCCUUCCACCACCCUGUGGGAACGAGUCCUUUGGAAGUGUACAUUCAUUCCAAGGUGGGGG
.....((((..((((..(((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))..))))..))))..(((..(((((.....))))((((((.((......)))))))).)..))). ( -45.50)
>mm5.chr10/31610408-31610527
GGAGUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGAGCGUGUGGGCACAGAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCGCCACGCUCUGGAAACAAGUCCCUUGGAAGCAUAUAUUCAUUCCAGGAUGGGGG
((((((((((.(((((((((((.(((..(((.(((....)))..)))))))))))))))))....))))))))))(....)....(((((((((...........)))))....)))). ( -51.10)
>rn3.chr7/106191540-106191660
GGAGUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGGGCGUGUGGGCACAUAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCGCCACGCUCUGGAAACAAGUCCCUUGGGAAGUAUAUAUUCAUUCCAAGGUGGGGG
((((((((((.(((((((((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))))))))....))))))))))(....)...((((((((((.(........).)))))))).))... ( -54.50)
>canFam1.chr15/33351839-33351719
GACAUGUGGUUGGAACGGCAGAUGGCGGUGUGUGUGGGCACAGGGCUGUGUCUGUUGUUCCUUCCACCACCCUCUGGAAAUGAAUCCUUUUGGAAGAGUACAUUCAUUCCAGGGUGGGGG
.....((((..(((((((((((((((..(((((....)))))..)))..))))))))))))..))))..((((((((((.(((((.((((....))))...))))))))))))).))... ( -51.30)
>consensus
GAAAUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGAGCGUGUGGGCACAGAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCACCACCCUCUGGAAACAAGUCCCUUGG_AAGUAUACAUUCAUUCCAAGGUGGGGG
.....((((..(((((((((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))))))))..))))..((((((((((.....(((....))).(........).)))))))))).... (-35.85 = -37.23 +   1.38) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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