Structure #50140
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr12 |
Strand | - |
Position | 88,267,150 - 88,267,269 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 85.81 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -50.6 |
Consensus MFE | -35.85 |
Combinations/base pair | 46 / 39 = 1.18 |
SCI | 0.71 |
z-score | -3.08 |
RNA class probability | 0.976819 |
This structure is part of cluster 25144
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 85.81 Mean single sequence MFE: -50.60 Consensus MFE: -35.85 Energy contribution: -37.23 Covariance contribution: 1.38 Mean z-score: -3.08 Structure conservation index: 0.71 SVM decision value: 1.78 SVM RNA-class probability: 0.976819 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr12/88267269-88267150 GACAUGUGGUUGGAAUGGCAGAUGGCUGAGCAUGUGGGCACAUAGCUGUCUCUGUUGUUCCUUCCACCACCCUGUGGGAACGAGUCCUUUGGAAGUGUACAUUCAUUCCAAGGUGGGGG .....((((..((((..(((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))..))))..))))..(((..(((((.....))))((((((.((......)))))))).)..))). ( -45.50) >mm5.chr10/31610408-31610527 GGAGUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGAGCGUGUGGGCACAGAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCGCCACGCUCUGGAAACAAGUCCCUUGGAAGCAUAUAUUCAUUCCAGGAUGGGGG ((((((((((.(((((((((((.(((..(((.(((....)))..)))))))))))))))))....))))))))))(....)....(((((((((...........)))))....)))). ( -51.10) >rn3.chr7/106191540-106191660 GGAGUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGGGCGUGUGGGCACAUAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCGCCACGCUCUGGAAACAAGUCCCUUGGGAAGUAUAUAUUCAUUCCAAGGUGGGGG ((((((((((.(((((((((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))))))))....))))))))))(....)...((((((((((.(........).)))))))).))... ( -54.50) >canFam1.chr15/33351839-33351719 GACAUGUGGUUGGAACGGCAGAUGGCGGUGUGUGUGGGCACAGGGCUGUGUCUGUUGUUCCUUCCACCACCCUCUGGAAAUGAAUCCUUUUGGAAGAGUACAUUCAUUCCAGGGUGGGGG .....((((..(((((((((((((((..(((((....)))))..)))..))))))))))))..))))..((((((((((.(((((.((((....))))...))))))))))))).))... ( -51.30) >consensus GAAAUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGAGCGUGUGGGCACAGAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCACCACCCUCUGGAAACAAGUCCCUUGG_AAGUAUACAUUCAUUCCAAGGUGGGGG .....((((..(((((((((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))))))))..))))..((((((((((.....(((....))).(........).)))))))))).... (-35.85 = -37.23 + 1.38)