Structure #50143

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr12
Strand	-
Position	88,267,189 - 88,267,296
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	82.38
Columns	120
Mean single MFE	-44.1
Consensus MFE	-31.04
Combinations/base pair	37 / 31 = 1.19
SCI	0.7
z-score	-2.48
RNA class probability	0.971878

This structure is part of cluster 25144

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.38
 Mean single sequence MFE: -44.10
 Consensus MFE: -31.04
 Energy contribution: -32.85
 Covariance contribution:   1.81
 Mean z-score:  -2.48
 Structure conservation index:   0.70
 SVM decision value:   1.68
 SVM RNA-class probability: 0.971878
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr12/88267296-88267189
GAAUCAUUUGCAGGAAACGGGGGGAGAGACAUGUGGUUGGAAUGGCAGAUGGCUGAGCAUGUGGGCACAUAGCUGUCUCUGUUGUUCCUUCCACCACCCUGUGGGAA
......((..(.(....)(((((......)..((((..((((..(((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))..))))..))))..)))))..)).. ( -39.00)
>mm5.chr10/31610447-31610566
GAAUCAUGUGCAGGAAGUGGGGGGGGGGGGGAGGGGGAAGGAGUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGAGCGUGUGGGCACAGAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCGCCACGCUCUGGAAA
..........((((..((((.((((((((.((.(((((.((..((((.(((.(.((((.....))))....).))).))))...)).))))).)).)))))))).))))..)))).... ( -48.30)
>rn3.chr7/106191580-106191687
GAAUCAUUUGCAGGAAAUGGGGGGGGGGGAGUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGGGCGUGUGGGCACAUAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCGCCACGCUCUGGAAA
...((((((.....)))))).......((((((((((.(((((((((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))))))))....))))))))))..... ( -44.80)
>canFam1.chr15/33351867-33351759
GAAUCACUUGCAGGAAACGGGGGGCAGAGACAUGUGGUUGGAACGGCAGAUGGCGGUGUGUGUGGGCACAGGGCUGUGUCUGUUGUUCCUUCCACCACCCUCUGGAAA
...((.(((.(.(....).).)))(((((....((((..(((((((((((((((..(((((....)))))..)))..))))))))))))..))))....))))))).. ( -44.30)
>consensus
GAAUCAUUUGCAGGAAACGGGGGG_AG____________AGAAAUGUGGUUGGAACAGCAGAUGGCUGAGCGUGUGGGCACAGAGCUGUCUCUGUUGUUCCUCCCACCACCCUCUGGAAA
........................................((((((((((.(((((((((((.(((..(((.((((....)))))))))))))))))))))....))))))))))..... (-31.04 = -32.85 +   1.81) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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