Structure #50840

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr12
Strand	+
Position	97,495,998 - 97,496,111
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, fugu
Mean pairwise identity	72.01
Columns	120
Mean single MFE	-35.39
Consensus MFE	-17.63
Combinations/base pair	39 / 26 = 1.50
SCI	0.5
z-score	-1.87
RNA class probability	0.883416

This structure is part of cluster 25547

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  72.01
 Mean single sequence MFE: -35.39
 Consensus MFE: -17.63
 Energy contribution: -16.04
 Covariance contribution:  -1.59
 Mean z-score:  -1.87
 Structure conservation index:   0.50
 SVM decision value:   0.93
 SVM RNA-class probability: 0.883416
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr12/97495998-97496111
UAGUCAAAGGUGCUUGAGUCAUUGGCAUGUAAGAGAAAUAUACCUGCAUGUUAGUCUAACGUUCUGAUAGAAAUGACAUGCAUUUAUGCUGCCAUUUGUUACUAUCAGGACUC
...((((......))))((.(((((((((((.............)))))))))))...))(((((((((((((((.((.(((....))))).)))))....)))))))))).. ( -28.22)
>canFam1.chr15/41004054-41004167
UAGUCAAAGGUGCUUGAGUCAUUGGCAUGUGAGAUAAAUAUACCUGCAUGUUAGUCUUAGGUUCUGAUAGAAAUGACACGCAAUUGUGCUGCCAUUUUUUGCUGUCAGGACUC
.((((......(((((((..((((((((((.((..........))))))))))))))))))).((((((((((((.(((((....))).)).)))))....))))))))))). ( -31.40)
>mm5.chr10/39745022-39744909
UAGUCGAAGGUGCUUGAGUCAUUGGCAUGUGAGACUAAUAUACCUGCAUGCUAGUCUUCAGGUUCUGAUGGAAGUGACAUGCGUGAUGCUGUCAUGUGUUACUGUCAGGACUC
.((((......(((((((..((((((((((.((..........)))))))))))).))))))).(((((...((((((..(((((((...)))))))))))))))))))))). ( -36.60)
>rn3.chr7/115006604-115006491
CAGUCAAAGGUGCUUGAGUCAUUGGCAUGUGAGACUAAUACACCUGCAUGUUAGUCCUCAGGUUCUGACGGCAGUGACACGCGUUAUGCUGUCAUGUGUUACUGUCAGGACUC
.((((...((.(((((((..((((((((((.((..........)))))))))))).))))))).))...((((((((((((.(.........).))))))))))))..)))). ( -39.00)
>galGal2.chr1/109-222
CGGUCAAAGAUGCUUGAGUCAUUGGCAUGUGAGAGUAAUAUAACUGCAUGUUAGCUUUCUGUUCUGAUAAAAGUGACUGUAAAUAUGAGAGUCAUUUACCGCUAUCAGGACAU
..(((((.(((......))).)))))....(((((((((((......))))).))))))((((((((((.((((((((.(.......).)))))))).....)))))))))). ( -31.10)
>fr1.chrUn/203143212-203143323
CCGUCGGAGGUGCUUGAGUCAUUGGCGUGUUAGAGCAGUCCACCUGUCCUCCAGCCCUCCUGCAGCACCGACAAGCCUGUGUUCUGCACAGGCAGCUCUCGCUGCUGUGGU
((...(((((.(((.(((.((.(((..(((....)))..)))..))..))).)))))))).((((((.(((...(((((((.....))))))).....))).)))))))). ( -46.00)
>consensus
CAGUCAAAGGUGCUUGAGUCAUUGGCAUGUGAGAGUAAUAUACCUGCAUGUUAGUC_UCAGGUUCUGAUAGAAGUGACAUGCA_UUAUGCU_GC_____CAUUUGUUACUGUCAGGACUC
...((((......))))....(((((((((.((..........)))))))))))......(((((((((((.....................................))))))))))). (-17.63 = -16.04 +  -1.59) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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