Structure #50841

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr12
Strand	+
Position	97,496,038 - 97,496,127
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, fugu
Mean pairwise identity	67.3
Columns	96
Mean single MFE	-38.32
Consensus MFE	-27.9
Combinations/base pair	36 / 22 = 1.64
SCI	0.73
z-score	-4.83
RNA class probability	0.932894

This structure is part of cluster 25547

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 96
 Columns: 96
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  67.30
 Mean single sequence MFE: -38.32
 Consensus MFE: -27.90
 Energy contribution: -25.87
 Covariance contribution:  -2.03
 Mean z-score:  -4.83
 Structure conservation index:   0.73
 SVM decision value:   1.22
 SVM RNA-class probability: 0.932894
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr12/97496038-97496127
UACCUGCAUGUUAGUCUAACGUUCUGAUAGAAAUGACAUGCAUUUAUGCUGCCAUUUGUUACUAUCAGGACUCGACUCGUGUGCGGACA
...(((((..(.((((....(((((((((((((((.((.(((....))))).)))))....))))))))))..)))).)..)))))... ( -31.70)
>canFam1.chr15/41004094-41004183
UACCUGCAUGUUAGUCUUAGGUUCUGAUAGAAAUGACACGCAAUUGUGCUGCCAUUUUUUGCUGUCAGGACUCGACUGGUGUGCGGACA
...(((((..((((((...((((((((((((((((.(((((....))).)).)))))....))))))))))).))))))..)))))... ( -36.60)
>mm5.chr10/39745038-39744949
UACCUGCAUGCUAGUCUUCAGGUUCUGAUGGAAGUGACAUGCGUGAUGCUGUCAUGUGUUACUGUCAGGACUCGACUGGUGUGCGGACA
...(((((((((((((....(((((((((...((((((..(((((((...)))))))))))))))))))))).)))))))))))))... ( -41.20)
>rn3.chr7/115006620-115006531
CACCUGCAUGUUAGUCCUCAGGUUCUGACGGCAGUGACACGCGUUAUGCUGUCAUGUGUUACUGUCAGGACUCGACUGGUGUGCGGACA
...(((((..((((((....(((((((((((..((((((.((.....))))))))......))))))))))).))))))..)))))... ( -39.60)
>galGal2.chr1/149-238
UAACUGCAUGUUAGCUUUCUGUUCUGAUAAAAGUGACUGUAAAUAUGAGAGUCAUUUACCGCUAUCAGGACAUGGCUGGUAUGCAGACA
...(((((((..((((...((((((((((.((((((((.(.......).)))))))).....)))))))))).))))..)))))))... ( -36.30)
>fr1.chrUn/203143252-203143338
CACCUGUCCUCCAGCCCUCCUGCAGCACCGACAAGCCUGUGUUCUGCACAGGCAGCUCUCGCUGCUGUGGUGCUGGGAGACGGACA
...(((((..(((((...((.((((((.(((...(((((((.....))))))).....))).)))))))).)))))..)))))... ( -44.50)
>consensus
UACCUGCAUGUUAGUC_UCAGGUUCUGAUAGAAGUGACAUGCA_UUAUGCU_GC_____CAUUUGUUACUGUCAGGACUCGACUGGUGUGCGGACA
...(((((..((((((....(((((((((((.....................................))))))))))).))))))..)))))... (-27.90 = -25.87 +  -2.03) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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