Structure #53068
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr13 |
| Strand | + |
| Position | 30,551,559 - 30,551,737 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 80.79 |
| Columns | 183 |
| Mean single MFE | -50.3 |
| Consensus MFE | -34.95 |
| Combinations/base pair | 73 / 55 = 1.33 |
| SCI | 0.69 |
| z-score | -2.36 |
| RNA class probability | 0.971574 |
This structure is part of cluster 26889
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 183 Columns: 183 Strand: + Mean pairwise identity: 80.79 Mean single sequence MFE: -50.30 Consensus MFE: -34.95 Energy contribution: -35.82 Covariance contribution: 0.87 Mean z-score: -2.36 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 1.68 SVM RNA-class probability: 0.971574 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/30551559-30551737 AUUCCUUUUAUAGUGAUUAUUGUCAACAGUUGGAGAAACAAAGCCCAAGGCUUCAUCUCACCCUGAGUUAUGUUGCUAUAGCUGGGUAUUAUUUGCUUCAAUCCUUUUAUCACACAAGAUAUACUUGUGUAAUUUCAGAGGGAGACAUAACCCUCCUCCAGGCUGAAUAGAACUGCCA .....((((((..((((....)))).(((((((((.....(((((...)))))..((((((((..(((((((....)))))))))))...............(((((.((.(((((((.....))))))).))...)))))))))..........))))).)))).))))))...... ( -43.90) >mm5.chr5/147027615-147027794 AUUCCUUUUAUGUAGCUAUUGUUAACUGCGGGAGAAACAGAGCCCCAGGCUUCCUUCCACCCCGAGCUCUGUUGCUGAAACUGCUUAUUAUUUUGCCUCAGUCCUUUUAUUACUCAGAAUCUAGACUGUGUACUAUCAGAGGGAAGCGUAAGCCUCCUCCAGGCUGAAUAGAGCCGCCA ...........((((.((....)).))))(((((.....(((((...))))).)))))....((.((((((((((.......))..............(((((.......(((.(((........))).)))......(..(((.((....)).)))..).)))))))))))))))... ( -45.10) >rn3.chr12/40783705-40783524 AUUCCUUUUAUGCAGCUAUUGUUGACAGCUGGAGAAGCAGAGCCCCAGGCUUCCUUUCGCCCGGAGCUCCGUGGCUGAAACUGCUUAUUAUUUUUGCCUCAGUCCUUUUAUUACACAGAAUCUUUACUUGUGUACUAUCAGAGGGAAGUCUCAGCCUCCUCCAGGCUGAAUACAACUGCCA ...........((((...((((...(((((((((..((.((((.((.(((........))).)).)))).))((((((.(((((...........)).....(((((((..(((((((.........))))))).....)))))))))).))))))..))))).))))...)))))))).. ( -59.00) >canFam1.chr25/42406986-42406807 AUUCCUUUUAUAGUGAUAUUGUCAGCAGUUGGAGAAACAAAGCCCAGAGCUUCAUCUCACACUGAGUUAUGUUGCUAUAACUGGGUAUUAUUUGCUUCAGUCCUUUUAUCACACAAGAUAUAUACUUGUGUGAUUUCAGAAGGAGACAUAACCCUCCUCCAGGCUGAAUAGAACUGCCA ....(..((((((..((((......((((..((((....((((.....))))..))))..))))....))))..))))))..)((((...((((.(((((((((...((((((((((.......))))))))))...)).(((((........)))))...)))))))))))..)))). ( -53.20) >consensus AUUCCUUUUAU_GUAACUAUUGUCAACAGCUGGAGAAACAAAGCCCAAGGCUUCAUCUCACCCUGAGCUAUGUUGCUAAAACUGCGUAUUA__UUUGCCUCAGUCCUUUUAUCACACAAAAUA__UA_CUUGUGUAAUAUCAGAGGGAAACAUAACCCUCCUCCAGGCUGAAUAGAACUGCCA .....((((((..((((....)))).(((((((((.((((((((.((.((..........)).)).)))))))).........((((((....(((.((((........(((((((((((........)))))))))))...)))).))).))))))...))))).)))).))))))...... (-34.95 = -35.82 + 0.87)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
