Structure #53069

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr13
Strand	-
Position	30,551,559 - 30,551,737
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	80.79
Columns	183
Mean single MFE	-60.28
Consensus MFE	-48.5
Combinations/base pair	68 / 51 = 1.33
SCI	0.8
z-score	-3.87
RNA class probability	0.999706

This structure is part of cluster 26889

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 183
 Columns: 183
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  80.79
 Mean single sequence MFE: -60.28
 Consensus MFE: -48.50
 Energy contribution: -48.62
 Covariance contribution:   0.12
 Mean z-score:  -3.87
 Structure conservation index:   0.80
 SVM decision value:   3.92
 SVM RNA-class probability: 0.999706
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr13/30551737-30551559
UGGCAGUUCUAUUCAGCCUGGAGGAGGGUUAUGUCUCCCUCUGAAAUUACACAAGUAUAUCUUGUGUGAUAAAAGGAUUGAAGCAAAUAAUACCCAGCUAUAGCAACAUAACUCAGGGUGAGAUGAAGCCUUGGGCUUUGUUUCUCCAACUGUUGACAAUAAUCACUAUAAAAGGAAU
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>mm5.chr5/147027794-147027615
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>rn3.chr12/40783524-40783705
UGGCAGUUGUAUUCAGCCUGGAGGAGGCUGAGACUUCCCUCUGAUAGUACACAAGUAAAGAUUCUGUGUAAUAAAAGGACUGAGGCAAAAAUAAUAAGCAGUUUCAGCCACGGAGCUCCGGGCGAAAGGAAGCCUGGGGCUCUGCUUCUCCAGCUGUCAACAAUAGCUGCAUAAAAGGAAU
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>canFam1.chr25/42406807-42406986
UGGCAGUUCUAUUCAGCCUGGAGGAGGGUUAUGUCUCCUUCUGAAAUCACACAAGUAUAUAUCUUGUGUGAUAAAAGGACUGAAGCAAAUAAUACCCAGUUAUAGCAACAUAACUCAGUGUGAGAUGAAGCUCUGGGCUUUGUUUCUCCAACUGCUGACAAUAUCACUAUAAAAGGAAU
.(((((((...((((((((((((((((......))))))))....((((((((((.......))))))))))...))).)))))(.((((((..(((((....(((..(((..(((.....))))))..))))))))..)))))))...)))))))....................... ( -57.70)
>consensus
UGGCAGUUCUAUUCAGCCUGGAGGAGGCUUAUGCCUCCCUCUGAAAGUACACAAG_UA__GAUCCUGUGUAAUAAAAGGACUGAAGCAAA__UAAUAACCAGUUACAGCAACAGAACUCAGGGUGAAAGGAAGCCUGGGGCUCUGUUUCUCCAACUGUUAACAAUAGCCAC_AUAAAAGGAAU
((((((((...((((((((((((((((......))))).)))...((((((((((........))))))))))...))).))))).....................((.(((((((((((((((........))))))))))))))).))..))))))))....................... (-48.50 = -48.62 +   0.12)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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