Structure #53383

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr13
Strand	-
Position	39,976,417 - 39,976,537
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	88.04
Columns	120
Mean single MFE	-35.22
Consensus MFE	-27.85
Combinations/base pair	48 / 41 = 1.17
SCI	0.79
z-score	-2.72
RNA class probability	0.972708

This structure is part of cluster 27091

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  88.04
 Mean single sequence MFE: -35.22
 Consensus MFE: -27.85
 Energy contribution: -28.35
 Covariance contribution:   0.50
 Mean z-score:  -2.72
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:   1.70
 SVM RNA-class probability: 0.972708
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr13/39976537-39976417
GCCAGACUACGAACUAAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUCAGGUUCAAAAUCCAGUUGGCUAGUGGGAGGAAAAGGAUAUUAUCUGAUGACAGAUAGUGGUAGCCAGUGUCUGAU
..(((((.(((((((....(((((.((((((....))))))))))))))))..........((((((...............(((((((((....))))))))).))))))))))))).. ( -34.79)
>mm5.chr3/108106403-108106522
GCCAGACUGUGAUUGAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUCAGGUUCAAAUUCCAGUUGGCUUGUAGGAGGAAGGGGAUCUUAUCUGAUGACAGAGAGUGGAAGCCGGCCUCUGAU
(((((.(((..((((((.(((((.((((((....)))))))))))..))).)))..)))))))).....(((((..((...(((..((((....))))....)))..))..)))))... ( -39.20)
>rn3.chr2/117030991-117031109
GCCAGACUGUUAUUAAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUCAGGUUCAGAUUCCAGUUGGCUGUGGGAGGAAAGGGAUAUUAUCUGAUGACAGAUAGUGGAAGCCAACAUCUGAU
(((((.(((..(((((..(((((.((((((....)))))))))))..))..)))..)))))))).((.(((......((.(((((((((....)))))))))....))....))).)) ( -33.60)
>canFam1.chr25/50708381-50708501
GCCAGAUUAUGAACUGAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUUAGAUUCAGAAUCCAGUUGGCUAGUGGGAGGAAAAGGAUAUUAUCUGAUGAUAGAUAGUGGUAGCCAAUGUCUGAC
..(((((......(((((...((((((((((....))))))))))...)))))......((((((((...............(((((((((....))))))))).))))))))))))).. ( -33.29)
>consensus
GCCAGACUAUGA_CUAAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUCAGGUUCAAAAUCCAGUUGGCUAGUGGGAGGAAAAGGAUAUUAUCUGAUGACAGAUAGUGGAAGCCAACGUCUGAU
((((.((((....(((((.(((((.((((((....)))))))))))..)))))....))))))))..((.(((.(....((.(((((((((....)))))))))....))..).))).)) (-27.85 = -28.35 +   0.50)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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