Structure #53385
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr13 |
Strand | - |
Position | 39,976,457 - 39,976,573 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 82.19 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -43.1 |
Consensus MFE | -31.12 |
Combinations/base pair | 44 / 37 = 1.19 |
SCI | 0.72 |
z-score | -3.58 |
RNA class probability | 0.998737 |
This structure is part of cluster 27091
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 82.19 Mean single sequence MFE: -43.10 Consensus MFE: -31.12 Energy contribution: -32.12 Covariance contribution: 1.00 Mean z-score: -3.58 Structure conservation index: 0.72 SVM decision value: 3.21 SVM RNA-class probability: 0.998737 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/39976573-39976457 CCUUGUAUCCUGCCCGCCUGCCUGGCUGAGGCUGCAGCCAGACUACGAACUAAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUCAGGUUCAAAAUCCAGUUGGCUAGUGGGAGGAAAAG .......((((.(((((..(((.(((((.(((....))).......(((((....(((((.((((((....))))))))))))))))......))))))))..))))))))).... ( -43.10) >mm5.chr3/108106443-108106553 CCCGUAUCCUGCCUGGCUGGCCGAUGCUACGGCCAGACUGUGAUUGAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUCAGGUUCAAAUUCCAGUUGGCUUGUAGGAGGAAGGG (((...((((((..(((((((((......))))).(((((..((((((.(((((.((((((....)))))))))))..))).)))..))))))))).))))))....))) ( -46.50) >rn3.chr2/117031031-117031140 CCUAUAUCCUGCCUGGCUGGCCGGUGCUGCAGCCAGACUGUUAUUAAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUCAGGUUCAGAUUCCAGUUGGCUGUGGGAGGAAAGG (((...((((((((((....)))).)).((((((((.(((..(((((..(((((.((((((....)))))))))))..))..)))..)))))))))))))))....))) ( -40.20) >canFam1.chr25/50708421-50708541 CCUUGCAUCCUGCCUGCCUCCCCAGCUGGCUGAGCCUGCAGCCAGAUUAUGAACUGAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUUAGAUUCAGAAUCCAGUUGGCUAGUGGGAGGAAAAG .......((((.((..(....(((((((((((.((.....)))))........(((((...((((((((((....))))))))))...)))))...))))))))...)..)))))).... ( -42.60) >consensus CCU_GUAUCCUGCC________UGGCUGGCCGAGGCUGCAGCCAGACUAUGA_CUAAAAUGAAAAUAUCCUUCUAAGGGUAUUUCAGGUUCAAAAUCCAGUUGGCUAGUGGGAGGAAAAG ((((.(((...(((...........(((((((......)))))))((((....(((((.(((((.((((((....)))))))))))..)))))....)))).)))..))).))))..... (-31.12 = -32.12 + 1.00)