Structure #54185

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr13
Strand	-
Position	53,677,655 - 53,677,773
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	87.82
Columns	120
Mean single MFE	-34.58
Consensus MFE	-28.79
Combinations/base pair	46 / 36 = 1.28
SCI	0.83
z-score	-2.46
RNA class probability	0.973109

This structure is part of cluster 27543

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  87.82
 Mean single sequence MFE: -34.58
 Consensus MFE: -28.79
 Energy contribution: -27.72
 Covariance contribution:  -1.06
 Mean z-score:  -2.46
 Structure conservation index:   0.83
 SVM decision value:   1.70
 SVM RNA-class probability: 0.973109
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr13/53677773-53677655
AGAAUAUUUUUAUUAUGCCAUCCAUCUGGAAAAGGAAGGUUGGAAUACUAUGAGAAGGGCCAUUUUUUUCUUGUGGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGAAAUGUCUGAUAUGUCAU
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>mm5.chr14/73066473-73066355
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...((((..(((((.((((...(((((....)))))(((..(((((((.(((((((((....))))))))).)))).)))..))).........)))).)))))...))))....... ( -36.00)
>rn3.chr15/62800173-62800055
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...((((..(((((.((((...(((((....)))))(((..(((((((.(((((((((....))))))))).)))).)))..))).........)))).)))))...))))....... ( -35.50)
>canFam1.chr22/14098437-14098320
AGAAUAUUUUUAUUAUACCAUCCAUCUGGAAAAGGAAGGCUGGGAUACUAUGAGAAGGGCCAUUCUUUCUUGUGGUAUUUUUGGCUGUGUCUCAGGGUGGGAUGUUUGAUAUGUCAU
..........(((((...(((((.((((((.......(((..((((((((..(((((((....)))))))..))))).)))..)))...)).))))...)))))..)))))...... ( -35.70)
>consensus
AGAAUAUUUGUAUUAUGCCAUCCAUCUGGAAA_GGAAGGCUGGGAUACUAUAAGAAGGGCCAUUCUUU_CUUGAAGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGGGAUGCUUGAUAUGU__CAU
...((((..(((((.((((.(((....))).......(((..(((((((((((((((((....))))).))))))))).)))..))).........)))).)))))...))))....... (-28.79 = -27.72 +  -1.06) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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