Structure #54412
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr13 |
Strand | + |
Position | 57,553,686 - 57,553,806 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 84.96 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -36.66 |
Consensus MFE | -26.4 |
Combinations/base pair | 40 / 33 = 1.21 |
SCI | 0.72 |
z-score | -2.4 |
RNA class probability | 0.941324 |
This structure is part of cluster 27659
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + ®?x Mean pairwise identity: 84.96 Mean single sequence MFE: -36.66 Consensus MFE: -26.40 Energy contribution: -26.65 Covariance contribution: 0.25 Mean z-score: -2.40 Structure conservation index: 0.72 SVM decision value: 1.29 SVM RNA-class probability: 0.941324 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/57553686-57553806 UGAUCUAUAUAAAUACAGGGUUUUACAUUACAAUAUCUUCCCUUUCUACUGCCAUGUCAAGGUGGGGCUCACUCAGAGAGCAGCUUAUGGGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCUGAUUAUGU (((((...........((((...................)))).....(..((.......))..)..(((.....)))((((((((((((((......)))))))))))))))))))... ( -35.21) >mm5.chr14/76754231-76754349 UGAUUUCUGUAAAGACAGGGUUUUACAUUACAAUGUUCUCAUUUCCCACUGUCAUGCCAGGGUGGGGCUCACUCAGAGAGCAGCUUAUGUGGCAUUUAGCCCAUAAGCUGCUGAUAGU ...((((((....((((..((........))..))))......(((((((.(......).)))))))......))))))((((((((((.(((.....)))))))))))))....... ( -40.10) >rn3.chr15/66911216-66911334 UGAUUUCUAUAAAGACAGGGUUUUACAUUACAAUGUUCUCGGCUCCCACUGUCAUGCCAGGGUGGGGCCCACUCAGCGAGCAGCUUAUGUGGCAUUUAGUCCAUAAGCUGCUGAUAGU ......((((.......((((...((((....))))....(((.((((((.(......).))))))))).))))....(((((((((((.(((.....)))))))))))))).)))). ( -40.10) >canFam1.chr22/17163280-17163400 UGAUCUAUAUCAAUACAGGGUUUUACAUGACAAUAUUCUCCUUUUUCACUGCCGUGUCCAGGUGGGGCUCACUCAGCGAGCAGCUUAUGUGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCCGAUUAUGU (((((............(((((((((..((((......................))))...))))))))).......(.((((((((((..(......)..))))))))))))))))... ( -31.25) >consensus UGAUCUAUAUAAAGACAGGGUUUUACAUUACAAUAUUCUCCUUUCCCACUGCCAUGCCAAGGUGGGGCUCACUCAGAGAGCAGCUUAUGUGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCUGAUAAU__ (((((............((((...((((....))))........((((((..........))))))))))........(((((((((((.(((.....)))))))))))))))))))... (-26.40 = -26.65 + 0.25)