Structure #54415

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr13
Strand	+
Position	57,553,726 - 57,553,846
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	81.09
Columns	120
Mean single MFE	-43.35
Consensus MFE	-31.81
Combinations/base pair	47 / 36 = 1.31
SCI	0.73
z-score	-2.69
RNA class probability	0.993413

This structure is part of cluster 27659

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  81.09
 Mean single sequence MFE: -43.35
 Consensus MFE: -31.81
 Energy contribution: -31.00
 Covariance contribution:  -0.81
 Mean z-score:  -2.69
 Structure conservation index:   0.73
 SVM decision value:   2.40
 SVM RNA-class probability: 0.993413
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr13/57553726-57553846
CCUUUCUACUGCCAUGUCAAGGUGGGGCUCACUCAGAGAGCAGCUUAUGGGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCUGAUUAUGUUCUUUAAAGUCUGCGAGGCUCAGUUUCUCACAGAUGGUAC
.........((((((((.(((.((((.(((...((((.((((((((((((((......))))))))))))))((......)).......)))).))).)))).)))...)))..))))). ( -42.50)
>mm5.chr14/76754271-76754385
AUUUCCCACUGUCAUGCCAGGGUGGGGCUCACUCAGAGAGCAGCUUAUGUGGCAUUUAGCCCAUAAGCUGCUGAUAGUCUUGAUGUCUGGGGUUCAGUUUCUCACAGAUGGUGC
.....((((((((......(((((.....)))))....(((((((((((.(((.....))))))))))))))))))))......((((((((........))).)))))))... ( -43.50)
>rn3.chr15/66911256-66911370
GGCUCCCACUGUCAUGCCAGGGUGGGGCCCACUCAGCGAGCAGCUUAUGUGGCAUUUAGUCCAUAAGCUGCUGAUAGUCUUGAUAUCUGGGGUUCAGUUUCUCACAGAUGGUGC
.((.((.((((((.(((..((((((...)))))).)))(((((((((((.(((.....))))))))))))))))))))......((((((((........))).))))))).)) ( -45.80)
>canFam1.chr22/17163320-17163440
CUUUUUCACUGCCGUGUCCAGGUGGGGCUCACUCAGCGAGCAGCUUAUGUGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCCGAUUAUGUUCUUUAGUGUCUGUGAGCCACGGCUUCUCACAGAUGGUAC
..........(((((..((....))(((((((...(((.((((((((((..(......)..)))))))))))((......))....))....))))))))))))................ ( -41.60)
>consensus
CUUUCCCACUGCCAUGCCAAGGUGGGGCUCACUCAGAGAGCAGCUUAUGUGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCUGAUAAU____CUUAAUGUCU__GAGGCUCAGUUUCUCACAGAUGGUAC
.....((((((...((..(((.((((.(((........(((((((((((.(((.....))))))))))))))((((...........))))...))).)))).)))..))))).)))... (-31.81 = -31.00 +  -0.81)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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