Structure #54419

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr13
Strand	+
Position	57,553,766 - 57,553,886
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	82.63
Columns	120
Mean single MFE	-37.46
Consensus MFE	-25.74
Combinations/base pair	44 / 35 = 1.26
SCI	0.69
z-score	-2.89
RNA class probability	0.989836

This structure is part of cluster 27659

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.63
 Mean single sequence MFE: -37.46
 Consensus MFE: -25.74
 Energy contribution: -25.80
 Covariance contribution:   0.06
 Mean z-score:  -2.89
 Structure conservation index:   0.69
 SVM decision value:   2.18
 SVM RNA-class probability: 0.989836
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr13/57553766-57553886
CAGCUUAUGGGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCUGAUUAUGUUCUUUAAAGUCUGCGAGGCUCAGUUUCUCACAGAUGGUACCUGCUGUACUCACAACUUCUGAGCAUGAUUUGUCAGUCAU
((((((((((((......))))))))))))((((((((((((......(((((.((((.......)))).)))))(((((.....)))))..........)))))))....))))).... ( -40.60)
>mm5.chr14/76754311-76754425
CAGCUUAUGUGGCAUUUAGCCCAUAAGCUGCUGAUAGUCUUGAUGUCUGGGGUUCAGUUUCUCACAGAUGGUGCCUGCUGUACUCACUGCUUCUUAGUGUGACUUGUCAGUCAU
(((((((((.(((.....))))))))))))(((((((((.....((((((((........))).)))))(((((.....)))))(((((.....))))).))).)))))).... ( -39.40)
>rn3.chr15/66911296-66911410
CAGCUUAUGUGGCAUUUAGUCCAUAAGCUGCUGAUAGUCUUGAUAUCUGGGGUUCAGUUUCUCACAGAUGGUGCCUGCUGUAUUCGCUGCUUCUUAGUGUGACUUGUCAGUCAU
(((((((((.(((.....))))))))))))(((((((((...(((.((((((..((((.....((((..(....)..))))....))))..)))))))))))).)))))).... ( -35.80)
>canFam1.chr22/17163360-17163480
CAGCUUAUGUGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCCGAUUAUGUUCUUUAGUGUCUGUGAGCCACGGCUUCUCACAGAUGGUACCUGCUAUACUCACAACUUCUUAGCAUGGCGUGUCAGUCAU
(((((((((..(......)..)))))))))..((((........((.(((((((((((....))...))))))))).))(((((((..............))))).))......)))).. ( -34.04)
>consensus
CAGCUUAUGUGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCUGAUAAU____CUUAAUGUCU__GAGGCUCAGUUUCUCACAGAUGGUACCUGCUGUACUCACAACUUCUUAGCAUGACUUGUCAGUCAU
.((((((((.(((.....)))))))))))(((((..............(((((.((((.......)))).)))))(((((.....))))).........)))))(((((......))))) (-25.74 = -25.80 +   0.06)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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