Structure #55253
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr13 |
Strand | - |
Position | 70,139,481 - 70,139,600 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
Mean pairwise identity | 93 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -32.58 |
Consensus MFE | -27.44 |
Combinations/base pair | 45 / 39 = 1.15 |
SCI | 0.84 |
z-score | -2.26 |
RNA class probability | 0.993409 |
This structure is part of cluster 28132
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 93.00 Mean single sequence MFE: -32.58 Consensus MFE: -27.44 Energy contribution: -27.76 Covariance contribution: 0.32 Mean z-score: -2.26 Structure conservation index: 0.84 SVM decision value: 2.40 SVM RNA-class probability: 0.993409 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/70139600-70139481 AUGCCUACUUUAUCUGUCAAAACAAUGUCCUUUCUCAAAUAAAGGGCAUUGUUUCUGUAGCAAGAAAAGGUUCUGAUGUAUUGUUAUUUGCAAAUGGAUGGUGGAAUAAUGGAACAACA .......((((.(((((((((((((((((((((.......)))))))))))))).))..)).)))))))((((((.(((.(..((((((......))))))..).))).)))))).... ( -29.70) >mm5.chr14/89167550-89167430 AUGCCUGCUUUAUCUGUCAAAGCCAUGUCCCUUCUUAAAUAAAGGGCAUUGUUUCUGCAGCGAGGGAAAGGGUCUGAUGCAUUGUUAUCUGCAAAUGGAUGGCGGAAUAAUGGAACAACA ..((((.((((..((((..((((.(((.(((((........)))))))).))))..))))..))))...)))).((.(.((((((..(((((.........))))))))))).).))... ( -31.80) >rn3.chr15/80403775-80403655 AUGCCUACUUUAUCUGUCAAAGCCAUGUCCCUUCUUAAAUAAAGGGCAUUGUUUCUGCAGCGAGGGAAAGGGUCUGAUGCAUUGUUAUCUGCAAAUGGAUGGCGGAAUAAUGGAACAACA ...(((.((((..((((..((((.(((.(((((........)))))))).))))..)))).))))...)))((.((.(.((((((..(((((.........))))))))))).).)))). ( -30.20) >canFam1.chr22/27968952-27968832 AUGCCUACUUUAUCUGUCAAAACAAUGUCCUUUCUCAAAUAAAGGGCAUUGUUUCUGUAGCAAGAAAAAGGUUCUGAUGUAUUGUUAUCUGCAAAUGGAUGGCGGAAUAAUGGAACAACA .......((((.(((((((((((((((((((((.......)))))))))))))).))..)).))).))))((((((.(((.(((((((((......))))))))).))).)))))).... ( -35.50) >galGal2.chr1/42830836-42830956 AUGCCUACUUUAUCUGUCAAAACAAUGUCCUUUCUCAAAUAAAGGGCAUUGUUUCUGCAGUAAGAAAAAGGUUCUGAUAUAUUGUUAUCUGCAAAUGGAUGGUGGAAUAAUGGAACAACA .......(((...((((..((((((((((((((.......))))))))))))))..)))).)))......((((((.(((.(..((((((......))))))..).))).)))))).... ( -35.70) >consensus AUGCCUACUUUAUCUGUCAAAACAAUGUCCUUUCUCAAAUAAAGGGCAUUGUUUCUGCAGCAAGAAAAAGGUUCUGAUGUAUUGUUAUCUGCAAAUGGAUGGCGGAAUAAUGGAACAACA .......(((...((((..((((((((((((((.......))))))))))))))..)))).)))......((((((.(((.(((((((((......))))))))).))).)))))).... (-27.44 = -27.76 + 0.32)