Structure #55315
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr13 |
| Strand | + |
| Position | 70,554,914 - 70,555,077 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
| Mean pairwise identity | 82.09 |
| Columns | 163 |
| Mean single MFE | -52.18 |
| Consensus MFE | -37.96 |
| Combinations/base pair | 67 / 51 = 1.31 |
| SCI | 0.73 |
| z-score | -2.9 |
| RNA class probability | 0.992806 |
This structure is part of cluster 28163
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 163 Columns: 163 Strand: + Mean pairwise identity: 82.09 Mean single sequence MFE: -52.18 Consensus MFE: -37.96 Energy contribution: -38.00 Covariance contribution: 0.04 Mean z-score: -2.90 Structure conservation index: 0.73 SVM decision value: 2.35 SVM RNA-class probability: 0.992806 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/70554914-70555077 CCAGAUGCUGAGCUGAGAAAAUUUUCUUUCCAGCAAUAGCAUCUGGCUCCUUGGCAGCCUGUGUUUGCCCUUGUGUUGGCUGCAUAACAGUUGUCUUCAGGCUGUGAAAUGGUUAGGAUGCUGAUGUGAUAUCUUAUUCACUUGGAUGUUAUUCUUUUUAGCU ((((((((((.((((.((((......))))))))..)))))))))).(((((.((((((((.....((..((((((.....))))))..))......)))))))).).......)))).(((((.(((((((((.........))))))))).....))))). ( -56.31) >mm5.chr14/89611993-89612156 CCAGAUGCUGAGCUGAGGAAAUUUUCUUUCCAGCAAUAGCAUCUGGCUCCUUGGCAGCCUCUCCCUGCCCUUGUGUUGGCUGCCUCACAGUUGUCUUCGGGCUGUGAAGUAGUUAGGGUGCUGAUGUGAUAUCUUACUCACUUGGAUGCCAUCCCUUUUAGCU ((((((((((.((((.((((......))))))))..)))))))))).....(((((.((..((..((((((......((((((.(((((((...(....)))))))).))))))))))))..)).((((........))))..)).)))))............ ( -58.00) >rn3.chr15/80836232-80836395 CCAGAUGCUGAGCUGAGAAAAUUUUCUUUCCAGCAAUAGCAUCUGGCUCCUUGGCAGCCGCUCCCUGCCCUUGUGUUGGCUGCCUCACAGUUGUCUUCAGGCUGUGAAGUAGUUAGGGUGCUGAUGUGAUAUCUUACUCACUUGGACGCCAUCCCUUUUAGCU ((((((((((.((((.((((......))))))))..))))))))))......(((((.......)))))......((((((((.((((((((.......)))))))).))))))))(((((..(.((((........)))))..).))))............. ( -59.80) >canFam1.chr22/28317715-28317878 CCAGAUGCUGAGCCGAGAAAAUUUUCUUUCCAGCGAUAGCAUCUGGUUCCUUGGCAGCCUCUACUUGCCCUUGUGUUGACUACACUGCAGUUGUCUUCAGGCUGUGAAAUGGUUAGGAUGCUGAUGUGAUAUCUUAUUCACUUGGAUGCUGUGCCUUUUAGCU ((((((((((.((.(.((((......))))).))..)))))))))).(((((.(((((((..((((((....((((.....)))).))))..))....))))))).)).((..((((((((......).)))))))..))...))).((((.......)))). ( -48.70) >galGal2.chr1/34362875-34362713 CCAGCUGUUAAGUCAUAGAAAUUUCUUUUCGGACAGCAGCAUCUGGUUCAUUGACAGUCUCUCCUUGCUCUUUUGCUGGCUUCACUACAGUUGUUUUUAGCCAUGAAAUGAAUAAGAUAUUGAUAUGAUAUUUUAUUCACUAGAAUUUUGUUUCUUUUAGUU ...((((((..(((...((((.....)))).))))))))).((((((((((...............((......)).((((.....((....))....))))))))).(((((((((((((.....)))))))))))))))))).................. ( -38.10) >consensus CCAGAUGCUGAGCUGAGAAAAUUUUCUUUCCAGCAAUAGCAUCUGGCUCCUUGGCAGCCUCUCCUUGCCCUUGUGUUGGCUGCAUCACAGUUGUCUUCAGGCUGUGAAAUGGUUAGGAUGCUGAUGUGAUAUCUUAUUCACUUGGAUGCUAUCCCUUUUAGCU ((((((((((.((((.((((......))))))))..)))))))))).(((..(((((.......))))).......((((((..((((((((.......))))))))..))))))))).(((((.((((........))))..((........))..))))). (-37.96 = -38.00 + 0.04)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
