Structure #55318
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr13 |
| Strand | - |
| Position | 70,554,914 - 70,555,077 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
| Mean pairwise identity | 82.09 |
| Columns | 163 |
| Mean single MFE | -47.14 |
| Consensus MFE | -32.82 |
| Combinations/base pair | 60 / 44 = 1.36 |
| SCI | 0.7 |
| z-score | -2.89 |
| RNA class probability | 0.990487 |
This structure is part of cluster 28163
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 163 Columns: 163 Strand: + Mean pairwise identity: 82.09 Mean single sequence MFE: -47.14 Consensus MFE: -32.82 Energy contribution: -33.06 Covariance contribution: 0.24 Mean z-score: -2.89 Structure conservation index: 0.70 SVM decision value: 2.22 SVM RNA-class probability: 0.990487 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/70555077-70554914 AGCUAAAAAGAAUAACAUCCAAGUGAAUAAGAUAUCACAUCAGCAUCCUAACCAUUUCACAGCCUGAAGACAACUGUUAUGCAGCCAACACAAGGGCAAACACAGGCUGCCAAGGAGCCAGAUGCUAUUGCUGGAAAGAAAAUUUUCUCAGCUCAGCAUCUGG .................(((..((((........)))).....................(((((((..(((....))).....(((........))).....)))))))....))).(((((((((...(((((((((....))))).))))..))))))))) ( -47.10) >mm5.chr14/89612156-89611993 AGCUAAAAGGGAUGGCAUCCAAGUGAGUAAGAUAUCACAUCAGCACCCUAACUACUUCACAGCCCGAAGACAACUGUGAGGCAGCCAACACAAGGGCAGGGAGAGGCUGCCAAGGAGCCAGAUGCUAUUGCUGGAAAGAAAAUUUCCUCAGCUCAGCAUCUGG ............(((((.((..((((........)))).......((((.....((((((((...........))))))))..(((........)))))))...)).))))).....(((((((((...((((((((.....)))))..)))..))))))))) ( -56.40) >rn3.chr15/80836395-80836232 AGCUAAAAGGGAUGGCGUCCAAGUGAGUAAGAUAUCACAUCAGCACCCUAACUACUUCACAGCCUGAAGACAACUGUGAGGCAGCCAACACAAGGGCAGGGAGCGGCUGCCAAGGAGCCAGAUGCUAUUGCUGGAAAGAAAAUUUUCUCAGCUCAGCAUCUGG ............(((((.((..((((........))))....((.((((.....((((((((..((....)).))))))))..(((........))))))).)))).))))).....(((((((((...(((((((((....))))).))))..))))))))) ( -60.60) >canFam1.chr22/28317878-28317715 AGCUAAAAGGCACAGCAUCCAAGUGAAUAAGAUAUCACAUCAGCAUCCUAACCAUUUCACAGCCUGAAGACAACUGCAGUGUAGUCAACACAAGGGCAAGUAGAGGCUGCCAAGGAACCAGAUGCUAUCGCUGGAAAGAAAAUUUUCUCGGCUCAGCAUCUGG .(((....)))......(((..((((........)))).....................((((((....((...(((.((((.....))))....))).))..))))))....))).(((((((((...(((((((((....))))).))))..))))))))) ( -44.80) >galGal2.chr1/34362713-34362875 AACUAAAAGAAACAAAAUUCUAGUGAAUAAAAUAUCAUAUCAAUAUCUUAUUCAUUUCAUGGCUAAAAACAACUGUAGUGAAGCCAGCAAAAGAGCAAGGAGAGACUGUCAAUGAACCAGAUGCUGCUGUCCGAAAAGAAAUUUCUAUGACUUAACAGCUGG .......((((......)))).((((((((.((((.......)))).))))))))(((((.((...........)).))))).(((((....(((((.(((.((..((((.........))))...)).)))((((.....))))..)).)))....))))) ( -26.80) >consensus AGCUAAAAGGAAUAGCAUCCAAGUGAAUAAGAUAUCACAUCAGCAUCCUAACCAUUUCACAGCCUGAAGACAACUGUAAUGCAGCCAACACAAGGGCAAGGAGAGGCUGCCAAGGAGCCAGAUGCUAUUGCUGGAAAGAAAAUUUUCUCAGCUCAGCAUCUGG .................(((..((((........))))..((((.((((..((.(((((.....)))))....((((...)))).........))..))))....))))....))).(((((((((...(((((((((....))))).))))..))))))))) (-32.82 = -33.06 + 0.24)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
