Structure #57378
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr13 |
| Strand | + |
| Position | 102,471,382 - 102,471,502 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 81.14 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -33.78 |
| Consensus MFE | -20.86 |
| Combinations/base pair | 52 / 38 = 1.37 |
| SCI | 0.62 |
| z-score | -3.61 |
| RNA class probability | 0.998111 |
This structure is part of cluster 29369
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 81.14 Mean single sequence MFE: -33.78 Consensus MFE: -20.86 Energy contribution: -22.42 Covariance contribution: 1.56 Mean z-score: -3.61 Structure conservation index: 0.62 SVM decision value: 3.01 SVM RNA-class probability: 0.998111 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/102471382-102471502 GCCAAAUUAAACAAGACACAAUUGAGGCUAACUCAUCCCUCUAGGCACUUAUAAAACCUACACGUGGGAACUUUUGAAAAUGAAGUUAGCACCGAUUGUGUCUUAUUUUGCUUGGCUGUU (((((...(((.((((((((((((..(((((((((((((.(((((...........))))...).)))).(....)....)).)))))))..)))))))))))).)))...))))).... ( -41.90) >canFam1.chr22/55471425-55471544 GCCAAAUUAAACAAGACACAAUUGAGGGUAACUCAUCCCUCUGGGCACUUAUAAACCUGCACGUGGGAACUUUUGAAAAUGAAGUUAGUGCUGAUUGUGUCUUAUUUUGCUUGGCCAUU (((((...(((.((((((((((((((((........)))))..((((((......((((....))))((((((.......))))))))))))))))))))))).)))...))))).... ( -42.40) >mm5.chr8/5047292-5047410 GCCAAAUUAAACAAGACACAACCAAGGUUAACUCAUCCCUCUAGGCACUUAUAAAACUACUGUGAGAACUUUUGAAAAUGAAGUUUGCACCAAUUUUGUCUUAUUUUUCUUGGCCAUU (((((...(((.((((((........((.(((((((...((.(((..((((((.......))))))..)))..))..))).)))).))........)))))).)))...))))).... ( -22.39) >rn3.chr16/90213408-90213526 GCCAAAUUAAACAAGACACAACCAAGGCUAACUCAUCCCUCUGGGCACUUAUAAACCUACUGUGAGAACUUUUGAAAAUGAAGUUUGCACCAAUUUUGUCUUAUUUUUCUUGGCUAUU (((((...(((.((((((...((((((..........))).)))(((((((((.......))))))((((((.......)))))))))........)))))).)))...))))).... ( -25.60) >galGal2.chr1/52861699-52861581 GCCAAGAUAAAUACAGCACAAUUGAAGCAAGCUGUCCCUCUAGGCAUUCACGAGCCCAUGCCUGGGAGCUCUUAGAAGUGAACUUAGCACCAGUUGUAUCUUAUUUAACUUGGCCAUU ((((((.((((((..(.(((((((..((.(((..((((...((((((..........))))))))))))).....(((....))).))..))))))).)..)))))).)))))).... ( -36.60) >consensus GCCAAAUUAAACAAGACACAAUUGAGGCUAACUCAUCCCUCUAGGCACUUAUAAAC_CUAC_CGUGGGAACUUUUGAAAAUGAAGUUAGCACCAAUUGUGUCUUAUUUUGCUUGGCCAUU (((((...(((.((((((((((((..((.(((((((......(((..((((((.........))))))..)))......))).)))).))..)))))))))))).)))...))))).... (-20.86 = -22.42 + 1.56)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
