Structure #57380

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr13
Strand	-
Position	102,471,382 - 102,471,502
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	81.14
Columns	120
Mean single MFE	-36.37
Consensus MFE	-26.5
Combinations/base pair	53 / 41 = 1.29
SCI	0.73
z-score	-3.32
RNA class probability	0.998255

This structure is part of cluster 29369

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  81.14
 Mean single sequence MFE: -36.37
 Consensus MFE: -26.50
 Energy contribution: -28.06
 Covariance contribution:   1.56
 Mean z-score:  -3.32
 Structure conservation index:   0.73
 SVM decision value:   3.05
 SVM RNA-class probability: 0.998255
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr13/102471502-102471382
AACAGCCAAGCAAAAUAAGACACAAUCGGUGCUAACUUCAUUUUCAAAAGUUCCCACGUGUAGGUUUUAUAAGUGCCUAGAGGGAUGAGUUAGCCUCAAUUGUGUCUUGUUUAAUUUGGC
....((((((..((((((((((((((.((.((((((((.............((((...(.(((((.........))))).))))).)))))))).)).))))))))))))))..)))))) ( -43.54)
>canFam1.chr22/55471544-55471425
AAUGGCCAAGCAAAAUAAGACACAAUCAGCACUAACUUCAUUUUCAAAAGUUCCCACGUGCAGGUUUAUAAGUGCCCAGAGGGAUGAGUUACCCUCAAUUGUGUCUUGUUUAAUUUGGC
....((((((..((((((((((((((..(((((((((((((................))).)))))....)))))...(((((........))))).))))))))))))))..)))))) ( -38.99)
>mm5.chr8/5047410-5047292
AAUGGCCAAGAAAAAUAAGACAAAAUUGGUGCAAACUUCAUUUUCAAAAGUUCUCACAGUAGUUUUAUAAGUGCCUAGAGGGAUGAGUUAACCUUGGUUGUGUCUUGUUUAAUUUGGC
....((((((..((((((((((.(((..(.(..((((.((((.........((((...(((.((....)).)))...))))))))))))..).)..))).))))))))))..)))))) ( -28.40)
>rn3.chr16/90213526-90213408
AAUAGCCAAGAAAAAUAAGACAAAAUUGGUGCAAACUUCAUUUUCAAAAGUUCUCACAGUAGGUUUAUAAGUGCCCAGAGGGAUGAGUUAGCCUUGGUUGUGUCUUGUUUAAUUUGGC
....((((((..((((((((((.(((..(.((.((((.(((((((....((....))....(((........)))..)).))))))))).)).)..))).))))))))))..)))))) ( -32.20)
>galGal2.chr1/52861581-52861699
AAUGGCCAAGUUAAAUAAGAUACAACUGGUGCUAAGUUCACUUCUAAGAGCUCCCAGGCAUGGGCUCGUGAAUGCCUAGAGGGACAGCUUGCUUCAAUUGUGCUGUAUUUAUCUUGGC
....((((((.((((((((.(((((.(((.((.(((((..((((((.((((((........))))))((....)).))))))...))))))).))).))))))).)))))).)))))) ( -38.70)
>consensus
AAUGGCCAAGAAAAAUAAGACACAAUUGGUGCUAACUUCAUUUUCAAAAGUUCCCACG_GUAG_GUUUAUAAGUGCCUAGAGGGAUGAGUUAGCCUCAAUUGUGUCUUGUUUAAUUUGGC
....((((((..(((((((((((((((((.((.(((((................(((.(((((...))))).)))(((...)))..))))).)).)))))))))))))))))..)))))) (-26.50 = -28.06 +   1.56)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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