Structure #57463

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr13
Strand	+
Position	104,046,105 - 104,046,204
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	75.66
Columns	99
Mean single MFE	-29.14
Consensus MFE	-12.4
Combinations/base pair	32 / 21 = 1.52
SCI	0.43
z-score	-2.48
RNA class probability	0.990074

This structure is part of cluster 29420

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 99
 Columns: 99
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  75.66
 Mean single sequence MFE: -29.14
 Consensus MFE: -12.40
 Energy contribution: -11.32
 Covariance contribution:  -1.08
 Mean z-score:  -2.48
 Structure conservation index:   0.43
 SVM decision value:   2.19
 SVM RNA-class probability: 0.990074
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr13/104046105-104046204
ACUCACAGCCUGAUUUGCAAAGUGGCAGCAGGAGCAGUUGUUAUGGAACUGAUUACAGCUAUCAGAGAUGGUGCUAUUUUAAACAGGCUGUGAAUUAAG
..((((((((((.((((..((((((((.((.((..((((((.((.......)).)))))).)).....)).))))))))))))))))))))))...... ( -35.60)
>canFam1.chr22/56801629-56801728
ACUCCCAGCCUGAUUUGCAAAGUGGCAGGAGGAAGAGCUGUUAGGAAACUAAUUACAGCUCUUAGAGAUUGUGCUAUUUUAAAUAGGCUGUGGAUUAAG
..((((((((((.((((..((((((((.((..((((((((((((....)))...))))))))).....)).))))))))))))))))))).)))..... ( -42.60)
>mm5.chr8/6591197-6591296
ACUCAGAGCUGGCUUUGCCAAGUGGCAGCGGGAAGAACUGUUAUGAAGCUAAUUACAGCUAUCAGAGAUGGGUCUAUUUUAAACAGGAUGUGAAUUAAG
..(((.(.((((((..(((....))))))....(((.(((((.(((((((......)))).)))..))))).)))........)))..).)))...... ( -21.90)
>rn3.chr16/1863845-1863748
ACUCAGUCGGCAUUGCCAAGUGGCAGCGGGAAGAACUGUUAUGAAGCUAAUUACAGCUAUCAGAGAUGGUACUAUUUUAAACAGGCUGUGAAUUAAG
.(.(((((.((..((((....))))))....((.((((((.(((((((......)))).)))..)))))).))..........))))).)....... ( -24.00)
>galGal2.chr1/53515373-53515274
ACAAGCAGUCUCACUCAAGCAGCAGCAGAAGGAAGAGUUCCUGUGAAACUAAUUAUGGCUACCAGCAGUAGUUCUGUUUUAAAUGGUCCAUGAAUUAGG
..........((((....((....))...((((.....))))))))..((((((((((..((((((((.....))))......))))))))).))))). ( -21.60)
>consensus
ACUCACAGCCUGAUUUGCAAAGUGGCAGCAGGAAGAGCUGUUAUGAAACUAAUUACAGCUAUCAGAGAUGGUGCUAUUUUAAACAGGCUGUGAAUUAAG
.....................(((((((.........)))))))........((((((((....((((((....)))))).....))))))))...... (-12.40 = -11.32 +  -1.08)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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