Structure #57852
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr14 |
Strand | - |
Position | 19,881,251 - 19,881,371 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, zebrafish, fugu |
Mean pairwise identity | 69.37 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -46.55 |
Consensus MFE | -31.92 |
Combinations/base pair | 50 / 34 = 1.47 |
SCI | 0.69 |
z-score | -0.83 |
RNA class probability | 0.571868 |
This structure is part of cluster 29680
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 69.37 Mean single sequence MFE: -46.55 Consensus MFE: -31.92 Energy contribution: -30.85 Covariance contribution: -1.07 Mean z-score: -0.83 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 0.08 SVM RNA-class probability: 0.571868 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr14/19881371-19881251 AGUGCGUCCUGUCACUCCACUCCCAUGUCCCUUGGGAAGGUCUGAGACUAGGGCCAGAGGCGGCCCUAACAGGGCUCUCCCUGAGCUUCGGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAACGGGGCUCC .....(((((((((..((..(((((.......))))).))..)))...(((((((......))))))).))))))((((((((.....)))))))).(((((((........))))))). ( -54.70) >canFam1.chr15/20703659-20703548 AGUGCGCGUCACUCUCUCGGCCCCUGGGAAGGUCUGAGACUCGGGCCAGCAGCGGCCCUAGCAGGGCCCUCCCCGCGCGCGGGGGGGUGAGUUCCCAGAGAGCGGGCCCCG ((((.....)))).....((((((((((((((((((.....))))))....(((((((.....)))))(((((((....)))))))))...))))))).....)))))... ( -55.40) >mm5.chr14/43501572-43501464 AGUGCGUGUCACUCUUCGGCCCCUGGGAAGGUCUGAGACUUGGGCCUCCCGCGGCCCUAACCGGGCUCUCCCCGAGCGGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAGCAGGGCUCU ((((.....))))....((((((((((((((((((.(....(((((......)))))...)))))))((((((....)))))).....)))))))......))))).. ( -47.00) >rn3.chr15/26805815-26805706 AGUGCUCGUCACUCUCUCGGCCCCUGGGAAGGUCUGAGACUGGGGCCUCCCGCGGCCCUAACCGGGCUCUCCCCGAGUGGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAGCAGGGCUCC ..(((((.......((((((..(((....))).))))))(((((..(((((..(((((.....))))).(((((....))))))).)))..))))).)))))....... ( -51.80) >danRer1.chrFinished/17046926-17046817 AGUGCUCGUCACUCGCCAACACCUCGGGGAAGGUCUGAGACAGGAGCCACUCGCUGUCCUAGCAGGACAUCAUCUGAAUGAUGAGCGAGUGCACAGAAAAUCGGGUCAC .(((((((((((((((((.((..(((((((.(..(((.((((((((...))).)))))....)))..).)).))))).)).)).))))))).)).(.....)))).))) ( -37.90) >fr1.chrUn/27162422-27162309 AGUGUUCAUCACUCUACCAAUCAUCUCGGGGAAGGUCUGAGACAAGAGCCAAUAGUUGUCCUUGCAGGACAUCACCUGAUUCGGGUGAGCGAGUGAACAGAAAAUAUGGGUCA ..((((((((.(((.(((.......(((((((.(((((......))).))......(((((.....))))))).)))))....)))))).)).)))))).............. ( -32.50) >consensus AGUGCGC___GUCACUCUCCC_____GGCCCCUGGGAAGGUCUGAGACUAGGGCCACCCGCGGCCCUAACAGGGCUCUCCCCGAGC___GGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAACAGGGCUCC ((((........))))..........(((((((((((((((((.......)))))....(((((((.....)))))((((((.......))))))))...)))))))......))))).. (-31.92 = -30.85 + -1.07)