Structure #57852

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr14
Strand -
Position 19,881,251 - 19,881,371
Number of sequences 6
Organisms human, dog, mouse, rat, zebrafish, fugu
Mean pairwise identity 69.37
Columns 120
Mean single MFE -46.55
Consensus MFE -31.92
Combinations/base pair 50 / 34 = 1.47
SCI 0.69
z-score -0.83
RNA class probability 0.571868

This structure is part of cluster 29680

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  69.37
 Mean single sequence MFE: -46.55
 Consensus MFE: -31.92
 Energy contribution: -30.85
 Covariance contribution:  -1.07
 Mean z-score:  -0.83
 Structure conservation index:   0.69
 SVM decision value:   0.08
 SVM RNA-class probability: 0.571868
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr14/19881371-19881251
AGUGCGUCCUGUCACUCCACUCCCAUGUCCCUUGGGAAGGUCUGAGACUAGGGCCAGAGGCGGCCCUAACAGGGCUCUCCCUGAGCUUCGGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAACGGGGCUCC
.....(((((((((..((..(((((.......))))).))..)))...(((((((......))))))).))))))((((((((.....)))))))).(((((((........))))))). ( -54.70)
>canFam1.chr15/20703659-20703548
AGUGCGCGUCACUCUCUCGGCCCCUGGGAAGGUCUGAGACUCGGGCCAGCAGCGGCCCUAGCAGGGCCCUCCCCGCGCGCGGGGGGGUGAGUUCCCAGAGAGCGGGCCCCG
((((.....)))).....((((((((((((((((((.....))))))....(((((((.....)))))(((((((....)))))))))...))))))).....)))))... ( -55.40)
>mm5.chr14/43501572-43501464
AGUGCGUGUCACUCUUCGGCCCCUGGGAAGGUCUGAGACUUGGGCCUCCCGCGGCCCUAACCGGGCUCUCCCCGAGCGGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAGCAGGGCUCU
((((.....))))....((((((((((((((((((.(....(((((......)))))...)))))))((((((....)))))).....)))))))......))))).. ( -47.00)
>rn3.chr15/26805815-26805706
AGUGCUCGUCACUCUCUCGGCCCCUGGGAAGGUCUGAGACUGGGGCCUCCCGCGGCCCUAACCGGGCUCUCCCCGAGUGGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAGCAGGGCUCC
..(((((.......((((((..(((....))).))))))(((((..(((((..(((((.....))))).(((((....))))))).)))..))))).)))))....... ( -51.80)
>danRer1.chrFinished/17046926-17046817
AGUGCUCGUCACUCGCCAACACCUCGGGGAAGGUCUGAGACAGGAGCCACUCGCUGUCCUAGCAGGACAUCAUCUGAAUGAUGAGCGAGUGCACAGAAAAUCGGGUCAC
.(((((((((((((((((.((..(((((((.(..(((.((((((((...))).)))))....)))..).)).))))).)).)).))))))).)).(.....)))).))) ( -37.90)
>fr1.chrUn/27162422-27162309
AGUGUUCAUCACUCUACCAAUCAUCUCGGGGAAGGUCUGAGACAAGAGCCAAUAGUUGUCCUUGCAGGACAUCACCUGAUUCGGGUGAGCGAGUGAACAGAAAAUAUGGGUCA
..((((((((.(((.(((.......(((((((.(((((......))).))......(((((.....))))))).)))))....)))))).)).)))))).............. ( -32.50)
>consensus
AGUGCGC___GUCACUCUCCC_____GGCCCCUGGGAAGGUCUGAGACUAGGGCCACCCGCGGCCCUAACAGGGCUCUCCCCGAGC___GGGGAGGUGAGUUCCCAGAGAACAGGGCUCC
((((........))))..........(((((((((((((((((.......)))))....(((((((.....)))))((((((.......))))))))...)))))))......))))).. (-31.92 = -30.85 +  -1.07) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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