Structure #60821
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr14 |
Strand | + |
Position | 53,419,155 - 53,419,273 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
Mean pairwise identity | 76.85 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -29.66 |
Consensus MFE | -18.03 |
Combinations/base pair | 26 / 22 = 1.18 |
SCI | 0.61 |
z-score | -1.7 |
RNA class probability | 0.680907 |
This structure is part of cluster 31319
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 76.85 Mean single sequence MFE: -29.66 Consensus MFE: -18.03 Energy contribution: -18.43 Covariance contribution: 0.40 Mean z-score: -1.70 Structure conservation index: 0.61 SVM decision value: 0.31 SVM RNA-class probability: 0.680907 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr14/53419155-53419273 AAACAGAUAGAUACUGUACAUCAAACUUGUUCUCACAGGUGUGCUUUCUUAAUGUUAAAAUACCCGUGUGAAUUUUUAGUUUCCCAUAAUGUAAUGGGAGACAAUAAAUUCUGAAGUU ..((((.......))))......(((((((((.(((.(((((.....(.....).....))))).))).)))).....(((((((((......)))))))))...........))))) ( -28.90) >mm5.chr14/38971386-38971504 AAACAGAUAGAUACUGUACAUCACACUUGUUCUCAUGGGUGCACUUUCUUAAUGCCAAAAUACCCGUGUGACUUCUCUGUCUCCCAUCAUGUAACGGGAGACAAUACAUUCUGAAGUU .......((((...((((..((((((.((....)).(((((((.........)))......))))))))))......((((((((..........)))))))).)))).))))..... ( -28.50) >rn3.chr15/22221298-22221408 AAACAGAUCGAUACUGUACAUCAAACUUGUUCUCGUGGGUGCACUGUCUUAACGCCGUGUGACUUCUCCGUCCCCCAUCGUGUUAACGGGAGACAAUACAUUCUGGAGCU ..((((.......))))...........(((((...(((((...(((((((((((.(((.(((......)))...))).))))).....))))))...))))).))))). ( -23.40) >canFam1.chr8/32834491-32834609 AAACAGAUACAUACUGUACAUCAAACUUGUUCUCACAGGUGUGCUUUCUUAACGUUAAAAUACCCGUGUGAAUUUUUAGUUUCCCAUAAUGUAAUGGGAGACAAUAAAUUCUGAAGUU ..((((.......))))......(((((((((.(((.(((((.....(.....).....))))).))).)))).....(((((((((......)))))))))...........))))) ( -28.30) >galGal2.chr5/55219149-55219260 AAGCAGAUAUACAACGGCCGGGUUCCCACAGGUGCGCUCCUCGCUGUGGGAUAUACCCGUGUGAAUUUGCUGUUUCCCAUCGUGUCAGGGGAAACAAUGAAUUCUGAGGUU .(((((((.((((.....((((((((((((((.(.....).).))))))))...))))))))).)))))))(((((((..........)))))))................ ( -39.20) >consensus AAACAGAUAGAUACUGUACAUCAAACUUGUUCUCACAGGUGCGCUUUCUUAAUGUUAAA_AUACCCGUGUGAAUUUUCAGUUUCCCAUCAUG_UAACGGGAGACAAUAAAUUCUGAAGUU ...((((.....................((((.(((.((((....................)))).))).)))).....(((((((...........))))))).......))))..... (-18.03 = -18.43 + 0.40)