Structure #63414
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr14 |
| Strand | - |
| Position | 80,738,794 - 80,738,933 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 89.3 |
| Columns | 144 |
| Mean single MFE | -46.07 |
| Consensus MFE | -44.11 |
| Combinations/base pair | 50 / 42 = 1.19 |
| SCI | 0.96 |
| z-score | -5.25 |
| RNA class probability | 0.989924 |
This structure is part of cluster 32842
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 144 Columns: 144 Strand: + Mean pairwise identity: 89.30 Mean single sequence MFE: -46.07 Consensus MFE: -44.11 Energy contribution: -43.30 Covariance contribution: -0.81 Mean z-score: -5.25 Structure conservation index: 0.96 SVM decision value: 2.19 SVM RNA-class probability: 0.989924 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr14/80738933-80738794 UUUGAUGACUGUUCUUCCUGUUGCCUUCAGACCUGGCAUUAGGAUUUUAGGUCAUCAUAAAUUAAAAUUUGAUUUUCUUCACUCAGAGAAUAUUAGGAUAAUGGAGUUAUCUGUUCUCUGAAAUUUGCGGAAUCAAACA ..((((((((.....(((((.((((.........)))).))))).....))))))))..........(((((((((......(((((((((....(((((((...)))))))))))))))).......))))))))).. ( -44.02) >mm5.chr12/86178173-86178031 UUUGAUGGCUGUUCCUCCUGUUGCCUAUAGGCAUGGCACUAGGAUUUUAAGUCAUCAUAAAUUAAAAUUGACUUUUUUCACUCAGAGAAUAUCAAGAUAUUGGGUUUAUCUAUGUGUUCUCUGAAAUUUGCGGGGUCAAACA ..((((((((.....(((((.((((.........)))).))))).....))))))))..........((((((((......(((((((((((..(((((.......)))))..))))))))))).......))))))))... ( -46.62) >rn3.chr6/115196594-115196452 UUUGAUGACUGUUCCUCCUAUUGCCUAUAGGCAUGGCACUAGGAUUUUAGGUCAUCAUAAAUUAAAAUUGAUUUUUUUCACUCAGAGAAUAUCAAGAUAAUGGGAUUAUCUGUGUAUUCUCUGAAAUUUGCGGGGUCAAACA ..((((((((.....(((((.((((.........)))).))))).....))))))))..........((((((((......(((((((((((..(((((((...)))))))..))))))))))).......))))))))... ( -46.42) >canFam1.chr8/56468897-56468753 UUUGAUGACUGUUCCUCCUAUUGCCUUCAGGCCUUGGCACUAGGAUUUUAGGUCAUCAUAAAUUAAAAUUUGAUUUUCUUCACUCAGAGAAUAUUAGGAUAAUGGGAUUAUCUGUUUAUUCUCUGAAAUUUGCGGAAUCAAACA ..((((((((.....(((((.((((..........)))).))))).....))))))))..........(((((((((......((((((((((...(((((((...)))))))...)))))))))).......))))))))).. ( -47.22) >consensus UUUGAUGACUGUUCCUCCUAUUGCCUACAGGCAU_GGCACUAGGAUUUUAGGUCAUCAUAAAUUAAAAUU_GAUUUUCUUCACUCAGAGAAUAUCAAGAUAAUGGGAUUAUCUGUGUAUUCUCUGAAAUUUGCGGAAUCAAACA ..((((((((.....(((((.((((..........)))).))))).....))))))))..........(((((((((......((((((((((...((((((.....))))))...)))))))))).......))))))))).. (-44.11 = -43.30 + -0.81)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
