Structure #64338

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr14
Strand	-
Position	97,156,162 - 97,156,281
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	76.21
Columns	120
Mean single MFE	-42.58
Consensus MFE	-32.86
Combinations/base pair	51 / 36 = 1.42
SCI	0.77
z-score	-3.37
RNA class probability	0.999533

This structure is part of cluster 33384

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  76.21
 Mean single sequence MFE: -42.58
 Consensus MFE: -32.86
 Energy contribution: -32.42
 Covariance contribution:  -0.44
 Mean z-score:  -3.37
 Structure conservation index:   0.77
 SVM decision value:   3.69
 SVM RNA-class probability: 0.999533
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr14/97156281-97156162
AUCUCUGGGGUUGGUUUGCUGCAAAUGCACUCCCUGAUACUUCCCUUGACGUGACUAUUUAACUCCUAUUAAAAUUAAUAGGGGUCAGGCCUGAUCAUCAAGGGAGAAAGGGCCUCCUG
......((((((((..(((.......)))..)).......(((((((((..((((..(((.((((((((((....)))))))))).)))...).))))))))))))....))))))... ( -35.80)
>canFam1.chr8/69139215-69139098
AUCUCCGGGGUUGGUUUGCUUCGAGUACUCAGUGAUACUUCUCUUGAUGUGACUACUUAACUCCUAUUAAAAUUAAUAGGGGUCAGGCUUGAUCAUCAAGGGAGAGAGGGCCUCCUG
.....(((((..((((..(((..(((((.....).))))((((((((((......(((.((((((((((....)))))))))).)))......)))))))))))))..))))))))) ( -37.70)
>mm5.chr12/101398279-101398160
AUCUCAGGGGUUGGCUCGCCGGGACUGUCCCCACGGCUACCUCCCUUGAUGCGACUACUUAACUCCUAUUAAAAUUAAUAGGGGUCAGGCCUGAUCAUGGAGGGAGAAGGGGCCUCCCG
.......(((..(((((((((((.......)).))))...(((((((.(((......(((.((((((((((....)))))))))).)))......))).)))))))...))))).))). ( -51.80)
>rn3.chr6/130992869-130992750
AUCUCUGGGGUUGGCUCUCUGGGACUGUACCCACGGCUACCUCCCUUGAUGUGACUACUUAACUCCUAUUAAAAUUAAUAGGGGUCAGGCCUGAUCAUCAAGGGAGAAAGGGCCUCCUG
.......(((..((((((.((((......)))).......(((((((((((......(((.((((((((((....)))))))))).)))......)))))))))))..)))))).))). ( -49.70)
>galGal2.chr5/43819281-43819165
AUCUUAGUAGUCAGUUUUAAAAUCAUGAGUUAAUUCUCCCCUUGAUGUGCACGCUUAACUCCCAUUAAAAUUAAUGGGGGUUACACAUGCUCAUUGAGGAAGAAAUAGACCCCAUA
......(..(((.(((((........(((......))).(((..(((.(((.(..((((((((((((....))))))))))))..).))).)))..)))..))))).)))..)... ( -37.90)
>consensus
AUCUCAGGGGUUGGUUUGCUGCGAAUGUACCCACUGAUACUUCCCUUGAUGUGACUACUUAACUCCUAUUAAAAUUAAUAGGGGUCAGGCCUGAUCAUCAAGGGAGAAA_GGGCCUCCUG
......((((..(((((...(((......)))........(((((((((((......(((.((((((((((....)))))))))).)))......)))))))))))....))))))))). (-32.86 = -32.42 +  -0.44)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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