Structure #64346
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr14 |
Strand | + |
Position | 97,086,758 - 97,086,878 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 73.89 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -41.02 |
Consensus MFE | -24.21 |
Combinations/base pair | 43 / 33 = 1.30 |
SCI | 0.59 |
z-score | -3.33 |
RNA class probability | 0.999913 |
This structure is part of cluster 33379
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 73.89 Mean single sequence MFE: -41.03 Consensus MFE: -24.21 Energy contribution: -27.15 Covariance contribution: 2.94 Mean z-score: -3.33 Structure conservation index: 0.59 SVM decision value: 4.52 SVM RNA-class probability: 0.999913 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr14/97086758-97086878 GGGAAUGUGGGAUGACUCUAGGCUGGAGCUGGGGUCAUUAAAUUCCGCUGGUCAUUAAUCCCCUGGAAAUGCCCAGGGCUGAGGUCAUUAUUCUUGGGAGAUAAAAAAUUCAGGACCAAA .(((((....(((((((((((.(....))))))))))))..)))))..(((((.......((((((......))))))(((((....((((((....)).))))....)))))))))).. ( -44.30) >canFam1.chr8/69072317-69072437 GGGAAUGUGGGAUGGCUCUAGGCUGGAGCCAGGGUCAUUAAAUUCCGCUGGUCAUUAAUCCCCUGGAAAUGCCCAGGGCUGAGGUCAUUAUUCUGGGGAGAUAAAAAAUUCAAGACCAAA .(((((....(((((((((.(((....))))))))))))..)))))..(((((.....(((((.(((((((((((....)).)).)))).))).)))))((........))..))))).. ( -46.60) >mm5.chr??/430-521 GAAGGAGUUGAUGGUCCUUGGCUAAAACGUGGGUCAUUAACUCCAGCCAGUCAUUAAUUGCCUGGAAAUGUCCUGGGCUGAGGUCAUUAUU ...((((((((((..((.((.......)).))..))))))))))..((((.((.....)).)))).((((.(((......))).))))... ( -34.50) >rn3.chr6/130927495-130927615 GGGAAUGGAGGAUGGCUCUAGGCUGAAGCUGGGGUCAUUAAAUCCUGCUGGUCAUUAAUCCUCUGGAAAUGCCCAGGGCUGGGGCUAUUAUUCUUGGGAGAUAAAAAAUUCAGGACCAAA .((...(((.(((((((((((.(....))))))))))))...)))..))((((.....((((..((((((((((.......)))).))).)))..))))((........))..))))... ( -38.70) >consensus GGGAAUGUGGGAUGGCUCUAGGCUGAAGCUGGGGUCAUUAAAUCCCGCUGGUCAUUAAUCCCCUGGAAAUGCCCAGGGCUGAGGUCAUUAUUCUUGGGAGAUAAAAAAUUCAGGACCAAA .(((((....(((((((((((.......)))))))))))..)))))..(((((.......((((((......))))))((((((.......))))))................))))).. (-24.21 = -27.15 + 2.94)